热图使用指南(上)

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热图使用指南(上)

2024-07-16 02:16| 来源: 网络整理| 查看: 265

2. 输入文件格式

文件内容如图所示,必须有行名和列名,且不能重名。填写的名字直接作为图片上显示的名字,数据可以是经过处理可直接作图的,也可以是未经处理的;未经处理的数据可使用“绘图前数据处理”功 能进行处理,参见【如何处理热图数据?】。

如何处理热图数据?

本工具提供三种数据处理方案:log 计算,中心化和标准化。

1. log 计算

可以在不改变所有数据线性关系的情况下使数据分布更紧凑,从而使颜色分布更均匀。由于log(0)无法计算,所以提供了步骤0,对所有数据加一个数,以使得计算能够进行,不同的加数会可能对绘图有不同的影响,需要调试使用。

2. 中心化

对全部数据仅进行中心化处理可以使图例关于0对称:

3. 标准化

相关意义可以上网搜索,在此不再赘述。仅对做热图而言,标准化可以使数据分布更紧凑。

4. 特别注意

若按列进行处理,则同一列内数据的线性关系不受影响(即相对大小不发生改变),但是行与行之间的线性关系可能发生改变(破坏行间数据的相对大小关系);若按行进行处理,同理。因此,若要进行中心化和标准化处理,建议对象(全部,按行,按列)保持统一,如下为正确示范:

如何使用输入数据原始值做热图?

由于本工具默认会进行一定的数据处理,若输入文件已经经过数据处理,或者是使用“绘制表格下载”得到的文件进行二次作图,则需要清除预设的数据处理,方法如下:将1-3 步骤的选项全部选择“不处理”即可。由于第0步是第1步log计算的预处理,若log计算选择“不处理”,在第 0 步并不会进行处理。

如何调整配色方案?

1. 经典搭配

最常用的“深-浅-深”配色方案。如:“红黑绿”,“红白蓝”等。

2. 深-浅-深

大值和小值颜色深,中间值颜色浅,适用于展现上下调情况。

3. 由深到浅

数值越大,颜色越深;数值越小,颜色越浅。适用于展现数值大小情况。

如何做出黑白两色的热图?

参数设置如下:

如何处理聚类,并根据聚类结果调整数据以重新绘制?

1. 选择聚类的对象

如下,取消对列的聚类,使样本排序方式依据输入文件中的顺序。

2. 聚类方法

具体含义可上网搜索,后续会将相关释义添加到本工具的说明中。默认选项为推荐的选项。

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