原创 小范儿 微生态 昨天

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导读

肠道微生物组由多种微生物群落组成。虽然已经确定细菌具有调节宿主生理发育的作用，但真菌的作用仍有待确定。本文使用有特定种类细菌、真菌或两者定植无菌小鼠，研究真菌在微生物组组装，免疫发展，对结肠炎的敏感性和气道炎症中的因果作用。真菌定植促进细菌微生物组生态学的重大转变，并对幼鼠的先天和适应性免疫发育具有独立的影响。虽然单独的真菌定殖不足以引起明显的葡聚糖硫酸钠诱导的结肠炎，但细菌和真菌的共同定殖会加重结肠炎症。卵清蛋白诱导的气道炎症表明，减轻气道炎症需要细菌定植，而非真菌定植，但真菌选择性地促进气道中巨噬细胞浸润。总之，该发现表明真菌在微生物生态学和宿主免疫功能中的因果作用，提示可以将真菌纳入治疗方法，调节早期生命的微生物群系。

论文ID

原名：Intestinal fungi are causally implicated in microbiome assembly and immune development in mice

译名：肠道真菌与小鼠体内的微生物组组装和免疫发育有关

期刊：Nature Communications

IF：11.878

通讯作者：2020.5.22

通讯作者：Marie-Claire Arrieta

通讯作者单位：加拿大卡尔加里大学生理学和药理学学系

实验设计

首先细菌（12种; B），酵母菌（5种; Y），所有细菌和酵母菌的混合物（BY）定植成年GF小鼠，在母亲腹部包括乳头区域涂抹与母亲定殖相同的细菌使细菌定殖子代小鼠。用1.5%的DSS处理上述细菌定殖的7周龄无菌小鼠5天，评估真菌定植是否直接影响结肠炎的发展。对16S rRNA（细菌）以及核糖体内转录间隔子ITS2区（ITS）遗传标记（真菌）进行测序，研究真菌定植对细菌菌群的影响，并检测菌种间的相互作用。比较4周和9-10周时细菌和真菌的多样性和组成，评估生命早期和成年期微生物组的变化。使用抗生素Augmentin®（阿莫西林-克拉维酸盐；BY + Abx）或抗真菌剂Fluconazole®（BY + Afx）处理另外两个小鼠组，研究细菌和真菌微生物组对群落破坏的反应。使用流式细胞术检测未刺激脾细胞的细胞外和细胞内标记物，对血清中的免疫球蛋白(Ig)定量，以及测定空肠和结肠裂解液中细胞因子，对4周龄时的免疫反应进行表征。用卵清蛋白处理小鼠，研究真菌定殖对宿主气道炎症易感性的影响。

结果

1.与人类有关的真菌在小鼠肠道内繁殖

首先评估常见酵母在小鼠肠道中定植和存活的能力。细菌（12种; B），酵母菌（5种; Y），所有细菌和酵母菌的混合物（BY）定植成年GF小鼠（图1a）。对于细菌，使用Oligo-MM12联合体，由12种小鼠来源的细菌组成，这些细菌具有持久性，可遗传性，类似于小鼠复杂微生物群的可引发免疫反应。对于真菌，从类群中选择五种酵母菌，这五种酵母菌通常在人类肠道中生长，并且在生命早期与过敏性疾病和哮喘有联系。这些小鼠子代在出生后的第一个星期，通在母亲腹部包括乳头区域涂抹与母亲定殖相同的细菌进行定殖（图1a）。使用细菌16S和真菌18S核糖体RNA（rRNA）基因特异性引物，通过qPCR对培养的子代粪便进行检测，确定其肠道定殖和无菌情况。仅在B和BY小鼠中检测到细菌，而在Y和BY组中检测到真菌（图1b-e）。在4周龄时，真菌18SRNA目标DNA比细菌DNA低两个数量级（图1b, c）。在9-10周时，Y小鼠的真菌DNA比细菌DNA低十倍，此时BY组的18S信号丢失（图1c）。鉴于已知qPCR技术在扩增扩增子低浓度方面的局限性，对所有7周龄小鼠的粪便进行培养。通过Y和小鼠粪便培养获得真菌菌落，真菌细胞数比对照组低10倍（106 vs. 105 CFU/ml;图1d, e），证实虽然真菌能够在小鼠肠道中定殖，但细菌在该模型中具有生态优势，降低真菌在该环境中的适应度。

2.细菌，而不是真菌定殖调节肠道生理

对肠道生理进行全面评估，确定真菌定植是否会引起其所在器官功能变化。解剖学测量显示，细菌而非真菌导致小肠长度减少，盲肠重量降低，Y小鼠表现出与GF小鼠无法区分的特征（图1f–h）。结肠长度和空肠重量在所有组中均保持不变。细菌对于进一步诱导水分吸收和肠道通透性变化至关重要。B和BY组的小鼠，而非Y组，尽管表达出与与GF相等的粪便颗粒重量，但粪便中的液体含量降低（粪便干/湿比；图1i，j）。此外，对荧光素-5(6)-磺酸（FSA）的清除（一种肠道屏障完整性的测量方法）和回肠跨上皮电阻（TER）（一种回肠细胞旁通透性的测量方法）的检测显示，小鼠体内细菌量减少（B和BY;图1k, l），但各组间无显著性差异。通过使用藜芦定激活肠神经或直接用卡巴胆碱刺激上皮后测量短路电流（ΔIsc）的变化，评估回肠运输离子的能力（图1m，n）。微生物定殖对卡巴胆碱的反应不影响ΔIsc。然而，GF和Y组小鼠几乎对藜芦烷无反应（低ΔIsc），表明回肠中神经诱导的离子转运依赖细菌，而不依赖真菌定植。与回肠粘膜的功能变化相反，在结肠中未检测到生理差异（补充图1c-f）。这些发现表明，即使真菌可以在肠道环境中形成稳定的种群，但其是一个主要适应细菌定殖的器官。尽管如此，仍需要进一步的实验确认这是对细菌和/或真菌的普遍反应，或者是所选择的微生物群所独有的。

图1.细菌定植对于诱导被定植小鼠的肠道结构和功能变化至关重要。

a.     无菌动物研究的实验设计。b.粪便样本中细菌DNA qPCR定量。c.粪便样本中真菌DNA qPCR定量。d.补充抗生素（庆大霉素+氯霉素）的YM琼脂培养基中粪便真菌菌落计数。e.代表性Y和BY小鼠的粪便真菌在选择性培养基中生长情况。f.各组解剖胃肠道的总体解剖变化（从胃到远端结肠）。g.大约20（17–25）周龄时，无菌小鼠小肠长度。h.大约20（17–25）周龄时，无菌小鼠全盲肠重量。i.小鼠粪便样本水分含量测定。j.小鼠粪便样本干湿比。k.肠道屏障功能测定：回肠跨上皮电阻抗。l.肠道屏障功能测定：荧光素-5(6)-磺酸（FSA）的清除。m.上皮刺激物卡巴胆碱刺激后回肠短路电流（ΔIsc）。n.神经刺激物藜芦定刺激后回肠短路电流。

3.细菌-真菌共定殖加重DSS诱导的结肠炎

真菌菌群失调与IBD的严重程度有关，尽管对于常见真菌种类对这类疾病的具体作用知之甚少。为了评估真菌定植是否直接影响结肠炎的发展，用1.5%的DSS处理上述细菌定殖的7周龄无菌小鼠5天（图2a）。除BY组1只动物外，所有小鼠在DSS处理后均存活5天。与经细菌（B和BY）定植的小鼠相比，酵母定植导致炎症特征降低，与未经过DSS处理的小鼠和GF小鼠（图2b-e）相似，表明仅使用酵母不足以触发明显的DSS结肠炎所必需的免疫机制。然而，当小鼠与细菌共定植时，通过对体重、脾脏重量、粪便中阳性血的开始和粪便中脂钙蛋白-2（中性粒细胞浸润的标记物Lcn-2）进行测定发现，BY小鼠显示结肠炎的严重程度最高（图2b-d）。尽管BY小鼠表现出较差的疾病评分，但DSS处理的B小鼠结肠组织显示出较高浓度的促炎细胞因子IFN-γ，TNF-α和IL-22水平（图2e），Y小鼠表现出与GF小鼠相似的细胞因子模式（图2e）。这些结果表明，虽然DSS结肠炎依赖于细菌信号，但真菌共定殖可以调节免疫反应的严重程度和免疫表型。

图2.DSS诱导的结肠炎的真菌免疫调节。

a.DSS研究的实验设计。b.DSS处理后第1 ~ 5天体重百分比变化、脾脏重量、结肠长度。c.在整个DSS治疗过程中粪便隐血的测量。d.在整个DSS治疗过程中粪便Lcn-2。e.用电化学发光法（MSD）检测炎症性结肠裂解液中促炎细胞因子。

4.真菌诱导肠道微生物组发生强烈的生态变化

我们对16S rRNA（细菌）以及核糖体内转录间隔子ITS2区（ITS）遗传标记（真菌）进行测序，研究真菌定植对细菌菌群的影响，并检测菌种间的相互作用。比较4周和9-10周时细菌和真菌的多样性和组成，评估早期生命和成年期微生物组的变化。为进一步阐明细菌-真菌相互作用，在小鼠出生第二个星期通过使用抗生素Augmentin®（阿莫西林-克拉维酸盐；BY + Abx）或抗真菌剂Fluconazole®（BY + Afx）处理另外两个小鼠组，研究细菌和真菌微生物组对群落破坏的反应。观察到种间相互作用对细菌和真菌群落的早期组装有很强的影响。小鼠年龄对细菌和真菌群落结构变异的贡献率分别为14.08%和3.28%，定殖方案贡献率分别为15.14％和38.97％（图3a，b）。真菌群落在β多样性上表现出更持久的变化，突出表明真菌群落对早期生活变化的适应力较差。比较不同处理之间的物种α多样性发现，对于细菌，在任何一个时间点上都没有检测到处理组之间的差异（图3c），相比之下，只感染真菌的小鼠在4周龄时，其真菌多样性显著降低。这种减少与抗菌剂的效果相当，表明肠道真菌多样性在早期生活定植期间受益于细菌。除抗真菌组外，所有组的真菌α多样性在第9周均增加（图3d）。这些结果表明，细菌和真菌种群相互变化，细菌对真菌群落的影响更强、更持久。这些种间效应与抗菌素的效应相当，说明真菌定植是驱动微生物群落组装的一个重要因素。我们发现所有真菌种类的成分变化都比较强烈（图3e）。菌落数量最多的两个菌种是白念珠菌（C. albicans）和胶红酵母（R. mucilaginosa），它们代表了90%以上的真菌群落，并且在不同的处理方法中表现出最大的变化。除氟康唑处理的小鼠外，白念珠菌在所有群体中均占主导地位，胶红酵母为氟康唑处理小鼠的优势分类单元（图3e），说明体内存在种间竞争或对氟康唑的抗性。与细菌共定殖导致C. parapsilosis和I. orientalis的丰度增加，而C. albicans在没有细菌或抗生素处理的小鼠中占优势。

为了深入了解这些定义群落中域间生态相互作用的情况，使用扩增子序列变异体（ASV）的相对丰度解释16S和ITS2数据集之间的相关性，根据处理组之间相对丰度的变化确定相互关系。C. albicans的存在与6种不同的细菌（L. reuteri,Muribaculum intestinale, Flavonifractor plautii, Turicimonas muris, B.longum, and C. clostridioforme;图3f）呈负相关，B. longum是受真菌影响最严重的细菌物种，与所有C. albicans以及 R. mucilaginosa呈负相关（图3f）。该分析还揭示真菌种类I. orientalis、C. parapsilosis和R. mucilaginosa与细菌C. clostridioforme、B. coccoides、E. faecalis和M. testinale之间的正相关关系。这些发现表明，小鼠肠道中一些最常见的酵母菌的适应度得益于细菌的存在，而一些菌株的生长，如B. longum和L. reuteri，则受到真菌定植强烈地拮抗。

图3.真菌定植和抗菌治疗影响肠道微生物群落生态学。

16S和ITS2序列的生态群落分析。a.小鼠肠道细菌β多样性变化的PCA排序。b.小鼠肠道真菌β多样性变化的PCA排序。c.细菌α多样性分析。d.真菌α多样性分析。e.4周时真菌种类的相对丰度。f.4周龄收集的粪便中细菌（y轴）和真菌（x轴）的双重相关热图。

5.肠道真菌对粪便代谢组的贡献最小

尽管对真菌种类的贡献知之甚少，但预计肠道中产生的微生物代谢产物会调节免疫发育。通过液相色谱-质谱联用技术（LC-MS）测定每个菌群的粪便代谢物，探索真菌定殖导致的功能变化。对从第4周和第9周收集的粪便中获得的150种代谢物的相对量进行的主成分分析（PCA）表明，Y小鼠的代谢谱与GF相似，与细菌定植组B、BY、BY + Abx、BY + Afx均有很大差异（图4b）。表明真菌代谢产物对定植小鼠的整体粪便代谢组没有显着贡献。虽然Y组和GF组的代谢物谱非常相似，在9周时鉴定出22个Y和GF样品之间存在显著差异的代谢物（P < 0.05，采用FDR校正t检验;图4c）。由真菌定植引起的最显著的变化是烟酸、3-羟基丁酸、延胡索酸和l -天冬酰胺（图4d）。证实小鼠肠道中定殖的真菌具有代谢活性。

图4.细菌定植是粪便代谢组改变的主要驱动力。

a.在4周和9周龄的无菌小鼠粪便样品中检测到150种代谢产物的主成分分析得分图。b.在4周和9周粪便样本中检测到的25种差异代谢物的热图。c.在第9周，GF组和Y组之间差异表达的22种代谢物的热图。d.在9周时，GF和Y组之间检测到最强的代谢差异。

6.真菌定植改变早期生命系统和肠道免疫

为了检查真菌定植的免疫后果，使用流式细胞术检测未刺激脾细胞的细胞外和细胞内标记物，对血清中的免疫球蛋白(Ig)定量，测定空肠和结肠裂解液中细胞因子，对4周龄小鼠的免疫反应进行表征。真菌联合体定植促进免疫细胞群的广泛系统免疫学变化及其在脾脏中细胞因子的分泌（图5a，b）。与B组和GF组相比，BY小鼠CD19 + B细胞，CD3 + T细胞，FoxP3 +调节性T细胞（Tregs）和Lin-（CD19-CD3-）骨髓细胞中出现变化（图5a）。与B和GF小鼠相比，抗生素处理导致B和T细胞群体发生类似变化（图5a）。BY组F4 / 80 + MHC-II + CD11c-巨噬细胞的比例增加（图5a）。Treg和巨噬细胞亚群的变化很可能归因于真菌，因为与GF和B小鼠相比，Y和BY小鼠表现出相同的模式（图5a）。与未处理的BY小鼠相比，对BY小鼠的抗菌处理导致大多数脾细胞数量发生变化（图5a）。脾细胞分泌的细胞因子和血清抗体也可引起全身免疫系统的改变。与GF或B相比，各组脾细胞产生IL-4、IL-6、IL-10和IL-12细胞因子的百分比均显著增加（图5b），表明当宿主被真菌和细菌定殖时存在协同免疫效应。单独的真菌定殖导致血清IgG3降低，IgG1升高，同样，BY和BY + Abx小鼠显示IgA和IgG3水平升高（图5c）。重要的是，这些显著的全身免疫变化并不是由全身真菌感染引起的，因为作为真菌病的典型标志的肾脏真菌培养物在所有小鼠中均呈阴性。

为了进一步描述上述免疫变化的具体微生物驱动因素，将细菌和真菌物种的相对丰度和测序统计数据与已报道的免疫特征（FDR校正的BiCOR方法）进行关联。观察到的几个显着相关性归因于真菌定殖（图5d）。观察到C. glabrata最显着的促进全身性变化，包括IL-4，IL-6和IL-10脾细胞比例增加，以及减少的B细胞，Tregs，产生Gata3的T细胞和MHC-II-CD11c +巨噬细胞（图5d）。C. parapsilosis也与血清中IgA水平的升高密切相关。真菌群落的α-多样性和均匀性也显着影响全身免疫。真菌α多样性和均匀度与促炎细胞因子生成细胞的比例增加、B细胞、Tregs、生成gata3的T细胞和MHC-II−CD11c+巨噬细胞的减少呈正相关，真菌丰富度（Chao1）与T细胞比例增加和血清IgG2b相关（图5d）。发现一些细菌定殖和免疫标记之间有更多的相关性。B. longum和L. reuteri与IL-4和IL-12促炎细胞因子分泌减少有关，与产生Gata3的CD4+ T细胞比例增加有关。此外，B. longum降低表达IL -6的脾细胞比例，而L. reuteri与IL-10细胞因子分泌减少、MHC-II+CD11c−巨噬细胞比例减少、Tregs和B细胞数量增加有关。细菌群落的Shannon和Chao1指数也分别与CD4 + T脾细胞和Gata3 + CD4 + T细胞的比例增加相关（图5d）。总之，这些结果强调真菌定殖与观察到的系统免疫特征有很强的相关性。

图5.真菌定植改变小鼠早期生命系统免疫。

a.4周龄无菌小鼠中未刺激的脾细胞群的百分比。b.4周龄无菌小鼠产生各种细胞因子的未刺激脾细胞的百分比。c.用电化学发光法(MSD)检测血清抗体浓度。d.第4周，相同物种的合并16S（黑色）和ITS（蓝色）ASV之间的热图（x轴）和报告的免疫特征（y轴）。

7.肠道真菌定植调节OVA诱导的气道炎症

真菌改变与人类的哮喘易感性有关，但因果关系仍有待确定。我们研究真菌定殖对宿主气道炎症易感性的影响，方法是用卵清蛋白（OVA;图6a）。如前所述，观察到GF小鼠对OVA-气道炎症高度敏感，与未受OVA影响的动物相比，支气管肺泡灌洗（BAL）中细胞和嗜酸性粒细胞增多（图6b）。值得注意的是，单独的真菌定殖也会导致肺部炎症程度升高。与B组相比，与酵母菌共定殖（BY）不会影响BAL中的总细胞数，表明单独细菌定植足以减轻OVA攻击后的气道炎症（图6b）。然而，BY + Abx组和BY + Afx组的抗菌治疗导致气道炎症增加（图6b），表明对细菌和真菌菌群的干扰对于增加宿主对过敏性气道炎症的敏感性非常重要。炎性浸润的细胞计数差异突出独特的表型和炎症反应，GF组、+ Abx组和+ Afx组嗜酸性粒细胞增多，而Y组细胞浸润增加，单核/巨噬细胞计数增加（图6c, d），表明定殖真菌可以调节气道炎症的免疫表型。总体而言，在该模型中，细菌（B和BY）而非真菌的存在减轻急性气道炎症的发生，表明肺部过敏反应的稳态控制依赖于细菌信号，并且真菌肠道定殖可以使炎症反应倾斜，在过敏性炎症期间导致支气管肺泡腔内巨噬细胞浸润增加。

图6.真菌定植改变小鼠早期生命系统免疫。

a.OVA诱导的气道炎症的实验设计。b.在OVA处理后，BAL液中的总细胞数。。c.无菌动物组编译细胞浸润的差异计数。d.处理组小鼠的白细胞差异计数。

8.讨论

使用无菌小鼠，测试真菌定植对肠道生理和全身免疫发育的直接和间接因果关系，以及它们在微生物群落中的生态作用。这是首次在没有细菌的情况下研究真菌的作用，研究真菌对宿主发育的直接贡献。我们的工作对真菌的作用进行系统的分析，表明虽然小鼠肠道在生理上更能容纳细菌，但真菌会强烈影响微生物组动力学（图3），并促进强烈的局部和全身免疫学变化（图5），影响肠道和肺部炎症反应的免疫表型（图2和6）。

先前的工作表明真菌无法在健康人的肠道中定植，表明粪便样品中检测到的真菌源自食物或口腔的真菌穿过胃肠道的迁移。相反，我们的小鼠模型显示，即使定期更换垫料和保证食物无菌，也可以在初次接种几周后从无菌小鼠粪便样品中培养真菌（图1d，e）。表明真菌可以在肠道定殖，尽管浓度低于肠道细菌。在没有细菌的情况下真菌成功的定殖进一步表明，细菌对于真菌在小鼠肠道中定殖不是必要的。真菌在没有细菌的情况下浓度更高，这与之前的研究结果一致，表明细菌和真菌在其他生态系统（如根际和土壤）中存在竞争或拮抗关系。因此，肠道微生物组很可能在真菌和细菌之间具有广泛的生态相互作用。

我们的数据揭示肠道环境有利于非常强的种间双向相互作用。真菌的存在会影响细菌群落结构，但细菌对真菌群落的影响更强，持续时间更长（图3）。与细菌的共定殖极大地改变真菌群落的β多样性，并显着提高α多样性和丰富度（图3）。有趣的是，在4周龄时，真菌定植对细菌β多样性和丰富性的影响更强（图3），支持生命早期机会之窗的概念，在此期间细菌微生物组更易发生变化。真菌定植还在早期组装过程中形成微生物群落的轨迹，使真菌成为宿主生命早期发育的决定性因素，其种间机制至今仍未明确，且有重要的研究价值。

生命早期的微生物定植对于免疫系统至关重要，我们的工作提供证据，即在细菌不存在或存在的情况下，真菌都能刺激新生儿的全身免疫反应（图5）。大多数全身性免疫变化是细菌和真菌定植的协同作用所致（图5a，b），包括主要免疫细胞亚型（B，T，Treg，巨噬细胞和Lin-细胞的转移），以及增加的细胞因子（IL-4，IL-6，IL-12和IL-10），表明在共定殖的动物中具有全身性刺激作用。抗菌剂处理的小鼠、抗生素处理的小鼠和抗真菌处理的小鼠的早期生命显示出与仅Y组和仅B组相似的趋势（图5a、b），进一步支持细菌和真菌微生物组的重要性。值得注意的是，肾脏中阴性的真菌培养物证实（真菌血症的特征），在任何一组中，实质性的免疫变化都不是由于全身性真菌感染引起的。这与最近一项针对白念珠菌的人类T记忆细胞的研究一致，在气道中对烟曲霉表现出交叉反应，表明肠道真菌定殖对粘膜部位免疫形成和免疫记忆至关重要。

在用DSS处理5天后，还观察到GF和Y组细胞因子反应的相似性，缺乏微生物或单一性真菌定植可减少炎症。我们的结果支持以前的研究，表明细菌定植对于DSS结肠炎的发展至关重要，真菌联合体的单独定殖对结肠炎的诱导几乎没有影响。与之前的研究一致，我们的模型显示，DSS处理后细菌定殖组的肠道组织中IL-17A的表达更高（图2e）。IL-17A是DSS诱导的结肠炎表型的有效增强剂，Th17细胞分泌的IL-17A升高，促进IL-12和IL-23分泌，并触发从Th17到Th1反应的转化。我们的模型表明细菌定植诱导Th1促炎性细胞因子INF-γ，IL-6和TNF-α的水平升高，以前曾提示它们会在小鼠中形成炎性循环并加重结肠炎。此外，仅在与细菌的单独定植时有IL-22的分泌，而真菌的存在阻止这一点（图2e），有助于解释由真菌定植引起的炎症反应的变化。IL-22在肠道炎症中起双重作用。在这种情况下，在真菌（Y和BY）定植的小鼠群体中，IL-22分泌的预防可能是共同定植小鼠（BY）炎症反应升高的一个促进因素。为了证实这一点，有必要对IL-22在活菌条件下的调节能力进行进一步的研究。

已有多项研究报道真菌过度生长可加重SPF小鼠的DSS结肠炎。然而，根据我们的观察，仅真菌信号无法诱导通常在DSS处理的动物中报告的结肠炎症水平（图2），细菌和真菌之间的相互作用更有可能导致结肠炎恶化。一项针对小鼠的最新研究表明接受马拉色霉菌处理的动物，通过Dectin-2受体激活的CARD9信号会使结肠炎恶化。在他们的研究中，Limon等人证明CARD9激活诱导促炎性级联反应，向先天免疫细胞激活和肠道炎症加剧的方向发展。我们的真菌联合体不包括马拉色霉菌，需要进一步的研究确认这种激活是否还取决于细菌信号的同时存在，或者是否由特定的真菌物种驱动。

我们的结果还表明，细菌（B和BY）定植（非单独的真菌定植）可减少小鼠OVA诱导的气道炎症，真菌促进肺泡腔内巨噬细胞/单核细胞的浸润（图6），这与我们关于真菌驱动的脾细胞群早期生命变化的研究结果一致（图5）。一种可能的机制可能涉及前列腺素E2（PGE2），这是一种由念珠菌产生和分泌的巨噬细胞极化的强调节因子。Kim等人之前的研究表明，抗生素诱导的真菌在肠道内过度生长会导致M2-巨噬细胞浸润和PGE2血浆浓度的增加。这些发现表明，生命早期的细菌信号对于预防气道炎症敏感性的增加至关重要，真菌定植可以作为气道炎症反应的潜在免疫系统的调节因子。我们的工作描绘肠道微生物的初始组成，影响其组成的因素，以及对粘膜抗原的免疫反应中涉及的强度和细胞类型。

我们的研究没有探究引起上述免疫变化的真菌驱动机制，没有检测到BY组和纯B组之间存在任何代谢物差异。因此，我们推测这些作用并不是由免疫细胞吸收真菌衍生的代谢物驱动。另一种更合理的机制可能涉及真菌相关分子模式与免疫细胞之间的直接相互作用。可以进一步评估特定结构和/或分泌的真菌分子模式的影响，这些微生物模式可能是这些报告的免疫反应的特定触发因素。