概念不同：结余资金是指结算后当年剩余的资金，是在当年预算工作目标已完成，或者因故终止，而造成的当年的剩余资金，一般指收入与支出相抵后的余额，即财政收入大于支出的部分。结转资金是指当年支出预算已执行但尚未完成，或因故未执行，在当期未使用完、下年需按原用途继续使用的专项资金或基本支出的结余，也就是指在结算的时间段里，由于工作目标尚未达到而暂时没有使用完的资金。具体可以分为基本支出结转和专项资金结转。

结算结果不同：结转资金是一个工作目标没有完成的结算结果;结余资金是支出预算的一个工作目标已完成或者因故终止的结算结果。

下一年度资金使用用途不同：结转资金是下一年度需要按照原用途继续使用的资金，结转资金原则上不得调整用途，将转入下一年按照原用途的预算继续使用;结余资金在下一年度可以不按照原用途继续使用的资金，按预算管理的有关规定，一般可以用于编制下年度的部门预算，统筹使用，或者按照存量资金的有关办法上缴国库。

包含的内容不同：结转资金包括基本支出结转资金和项目支出结转资金;结余资金指项目支出结余资金，基本支出是没有结余资金的。这一点是实务操作中必须注意的。

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