VASP计算过渡态常见问题总结 |
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本文章为原创,版权归作者刘锦程所有,文章转载请先取得作者的同意,非常欢迎转发文章链接!严禁以任何方式挪用本文内容,用于以盈利为目的各种活动。 问题一:CI-NEB计算得到的中间有点的能量比初态和末态都要低。 解:这时候有两种可能, 一是在初态和末态之间还存在至少一个极小点; 二是,初态和末态本就不是极小点,需要用更严格的精度重新继续计算初态和末态。 问题二:CI-NEB计算开始出现极大的原子受力,比如10 eV/Angstrom 以上 解:这个原因肯定是差点的初始结构不合理,办法用是VTST作者自己搞的idpp方法,许楠博士提供了idpp.py脚本使用pymatgen实现了这个功能,需要调用pymatgen和pymatgen_diffusion 123456789101112131415161718192021222324252627282930from pymatgen.core import Structurefrom pymatgen_diffusion.neb.pathfinder import IDPPSolverimport numpy as npimport osimport syssys.stdout = open(os.devnull, 'w')if len(sys.argv) |
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