高内涵细胞分析仪是基于自动化成像技术的多参数、高通量细胞生物学分析平台。其主要功能是对大量细胞群体进行高速、自动化批量显微荧光成像，并针对具体应用需求，对所获得的海量原始图像中的多种细胞参数进行计算机自动分析，从而提取和阐释其中所蕴含的丰富生物学信息。一般将以上方法简称为高内涵分析(High-Content Analysis, HCA)。

高内涵细胞分析仪由三部分组成：1)全自动高速显微成像、2)全自动图像分析和3)智能化数据管理。全自动高速显微成像在短时间内生成大量的图像，全自动图像分析从这些图像中提取大量的数据，数据管理软件负责建档存储、注释比较、检索分享这些图像和数据。通过运用多种不同技术手段（时间、空间、形态结构、荧光强度等等），HCA软件对细胞的生理状态、变化趋势、总体特征等展开分析，并获得对于目标细胞的综合定量分析结果，从而全面、立体地对细胞生物学的各个不同侧面进行阐释，帮助研究者作出关键结论。

高内涵细胞分析仪最突出的技术能力在于：1)高速成像。一般可在中低放大倍率（10× – 20×）下，在15 min内完成对96孔板整板全孔成像。2)强大的图像识别和处理能力。HCA软件可自动区分细胞边界、识别细胞内特征结构、完成全孔图像无缝拼接等。3)丰富的多参数分析能力。HCA软件可自动分析上百种细胞生物学指标，远远超出一般显微镜软件的数据分析能力。