红·绿·蓝篇（第1集～第3集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第一章

红·绿·蓝篇讲述的是真新镇的少年小智和小茂从大木博士那里获得了宝可梦图鉴之后在关都地区以挑战宝可梦道馆为目标展开旅行的故事。之后，一位神秘的少女小偷小蓝加入小智和小茂的行列之中，他们共同打败了利用宝可梦为非作歹的邪恶组织火箭队。火箭队的老大坂木不知去向……

最后，小智帮助夏伯捕获超梦并在常青森林救下了一位少女小黄后，成功地在宝可梦联盟大赛上打败了劲敌小茂，获得了宝可梦联盟冠军的称号。

黄篇（第4集～第7集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第二章

黄篇的故事发生在在小智获得宝可梦联盟冠军的称号两年之后。小智在收到一位训练家的挑战后消失了整整一个月。某日，小智负伤的皮卡突然出现并倒在大木研究所门口。之后一名声称是小智的朋友的少女小黄出现并表示她想带着皮卡一起去寻找小智。大木虽然对这位具有治愈宝可梦能力的少女将信将疑，但最终把寻找小智之事和升级版的宝可梦图鉴交付给了小黄。

随着剧情的发展，四天王的阴谋渐渐浮出水面，接连受到攻击的小黄发现了四天王的老巢苏芳岛。小黄与小茂、小蓝、夏伯、正辉以及原火箭队干部马志士、娜姿和阿桔会合之后，在苏芳岛展开了多轮激战。最终阿渡凭借徽章的力量召唤出一只谜之宝可梦，却在小黄的宝可梦齐心协力下被击退。小智再次出现，众人彻底粉碎了四天王的阴谋。另一方面，小蓝和一位神秘的少年取得了联络……

金·银·水晶篇（第8集～第15集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第三章

恢复了平静的关都地区，崭新的冒险舞台移向相邻的城都地区。少年阿金与宝可梦们和家人正平静地生活在若叶镇。某天阿金在空木博士研究所里撞见了一位小偷小银。从大木博士那里得到宝可梦图鉴以及从空木博士那里得到火球鼠后，阿金展开了追捕小银的旅程，途中更发现了假面男的阴谋。

另一方面，大木博士派出“捕获专家”克丽丝塔儿，交给她收集全部宝可梦、完成图鉴的任务。克丽丝塔儿为了捕获传说的宝可梦水君，在水京的协助之下对其紧追不舍。紧接着，克丽丝塔儿卷入了假面男的捕获凤王以及洛奇亚的计划之中，在一番调查之后竟然发现假面男很可能是关都与城都地区道馆馆主中的一位。为了找出假面男，宝可梦联盟举办了一场关都地区和城都地区的宝可梦对战赛。假面男在比赛中途进行阻碍。最终，来到城都地区的小智、小茂、小蓝和小黄与阿金、小银和克丽丝塔儿共同粉碎了假面男柳伯的阴谋，柳伯坠入了时拉比的时间缝隙之中……

红宝石·蓝宝石篇（第15集～第22集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第四章

城都地区的假面男刚刚恢复平静不久。在丰缘地区，围绕着路比和莎菲雅以为期八十天，分别取胜丰缘地区全部宝可梦华丽大赛和获得丰缘地区的所有道馆徽章的约定拉开了序幕。在旅途中，他们遇到了挚爱大地的熔岩队和尊敬海洋的海洋队两大邪恶组织。海洋队和熔岩队分别展开行动，之后它们结盟前往海底洞窟，唤醒了超古代宝可梦固拉多和盖欧卡，被唤醒的它们开始大肆破坏丰缘地区。

就在危机到来之际，千里和满充唤醒了烈空坐，制止了固拉多和盖欧卡的战斗。而路比和莎菲雅成功地阻止邪恶组织的老大水梧桐和赤焰松，他们和平息了固拉多和盖欧卡的朱红色宝珠和靛蓝色宝珠消失在琉璃市的空中。在时拉比的帮助之下，一切回归平静，路比和莎菲雅也都完成了约定。

火红·叶绿篇（第22集～第26集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第五章

故事的舞台再度回到关都地区。回到真新镇的小智和小茂接到了大木博士收回宝可梦图鉴的通知。两人交出图鉴后遭到了代欧奇希斯的袭击。与此同时，正当小蓝和父母重逢之际，她的父母却被黑洞吞噬了。为了对抗强大的敌人，会合后的小智、小茂和小蓝向七之岛的极梅婆婆学习终极招式。紧接著，火箭队的三兽士大肆破坏七之岛，科拿协助小智等人来到了火箭队大本营的第７岛的训练家之塔解救众人。在飞船上小智与前来援助的超梦共同打败了坂木和代欧奇希斯。而由于查克拉的反叛，飞船最终坠入枯叶市。

与此同时，前来常青森林寻找身世的小银遇到了小黄，却在与三兽士的战斗中被强制抓走，更由于查克拉的背叛差点葬身火海。坂木将小银救出，他也承认了坂木是他的父亲。但是，三兽士的另外一位萨奇派出神秘的宝可梦石化了小智、小茂、小蓝、小黄和小银……

绿宝石篇（第26集～第29集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第六章

在对战开拓区开幕当天，米拉特出其不意地出现在开幕式的现场，并宣称要在7天内征服7个设施。靠着不可思议的能力以及克丽丝塔儿提供的宝可梦，米拉特顺利地通过各个设施。另一方面达拉寻找到传说中的宝可梦基拉祈的藏身处，但基拉祈却被铠甲男抢先一步捕获。

同时路比、莎菲雅、阿金与克丽丝也陆续来到对战开拓区。此行的目的，是用基拉祈的愿望将被石化的图鉴所有者的石化解除。最终众人共同对抗铠甲男与他用基拉祈制造出的“海之魔物”盖欧卡……

钻石·珍珠篇（第30集～第38集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第七章

故事发生在全新的神奥地区，贝尔里慈家族的大小姐普兰汀娜为了制作家徽前往天冠山。而以搞笑艺人为目标的两位少年戴亚蒙德和帕尔却阴差阳错地被她误以为是自己的保镖，从此拉开了三人一同在神奥地区旅行的序幕。而另一方面，以赤日为首的银河队妄想利用神奥地区传说的宝可梦，创造出一个属于自己的“新世界”。

最终通过主角们的努力，银河队妄想利用帝牙卢卡与帕路奇亚创造世界的阴谋被成功瓦解，但赤日却被抓入了异次元的空洞之中……

白金篇（第38集～第40集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第八章

为了探寻毁坏的世界的秘密，也为了找回自己失踪的保镖，普兰汀娜决定前往神奥对战开拓区进行挑战。她与调查银河队余党的国际警察帅哥合作，希望向开拓区的各位首脑们询问有关毁坏的世界的情报。

普兰汀娜一行人最终进入毁坏的世界，却发现失踪的赤日一直在里面。银河队的科学家冥王的阴谋，也逐渐露出水面……

心金·魂银篇（第41集～第43集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第九章

故事回到城都地区，缺少了老大坂木的火箭队4将军利用阿尔宙斯闯入了神都遗迹，妄图利用阿尔宙斯创造出神话的宝可梦，却不知世界将会因此遭遇极大的危机。阿金、小银、克丽丝塔儿为了阻止4将军的野心而奋起反击。

千钧一发之际，4将军的阴谋被突然现身的三位神秘人所阻止，而他们的身份竟然是……

黑·白篇（第43集～第51集）

主页面：精灵宝可梦特别篇第十章

立志夺得合众联盟冠军的布莱克与希望能在艺能界取得成功的怀得因某些原因而结伴而行。他们在旅行中屡屡见识到等离子队带来的伤害。等离子队打著解放宝可梦的旗号，四处抢夺别人的宝可梦并据为己有。在魁奇思蒙骗下，Ｎ利用黑暗三人组从道馆馆主处抢来的黑暗石召唤出了捷克罗姆，更将冠军阿戴克打败。

历经千辛万苦的布莱克终于获得了八个道馆徽章，利用另一块石头召唤出莱希拉姆，与Ｎ进行对战。Ｎ醒悟后离去，等离子队的阴谋被彻底粉碎了。但顽固不化的魁奇思将布莱克困住，使其和莱希拉姆一起再度化作光明石。另一方面，一位隶属等离子队的少女和其他团员在混乱中逃出。国际警察帅哥一直追寻的七贤人也不知下落……

黑２·白２篇（第52集~）

主页面：精灵宝可梦特别篇第十一章

等离子队事件结束之后，合众地区再度恢复往日的安宁。隐匿身份的国际刑警警视黑次为了寻找等离子队手下以一名学生的身份潜入了桧扇市的训练家学校，和一位因为妹妹的扒手猫被等离子队抢走而发誓要报仇的少年修和转校生白慈一同学习。在与帅哥会合后，黑次遇到了一位等离子队的神秘科学家。后者带着被他控制的盖诺赛克特袭击桧扇市。虽然黑次成功捕获了盖诺赛克特，但仍未能逮捕阿克罗玛……

另一方面，在训练家学校中的活动中，黑次开始注意白慈的行动……

Ｘ·Ｙ篇

主页面：精灵宝可梦特别篇第十二章

在宝可梦青少年大赛中获得冠军的朝香镇少年艾克斯，因为受到记者们和观众给予的压力，常年抑郁在房间里。为了得到艾克斯所拥有的钥石和超级石，闪焰队趁着哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔交战时袭击了朝香镇，镇民大部分被俘虏。在华依的帮助下，艾克斯和瑅耶鲁诺、多罗巴和莎娜一起逃出，但是他们仍然不断受到闪焰队的追捕。

另一方面，闪焰队的终极兵器计划还在继续进行……

Ω红宝石·α蓝宝石篇

主页面：精灵宝可梦特别篇第十三章

从宇宙而来的陨石逼近丰缘地区。为了应对危机，路比和莎菲雅以及米拉特运用超级进化的力量和流星之民的后裔希嘉娜展开周旋。

最后路比与沙菲雅前往宇宙，粉碎了巨大陨石。