1511年10月1日，米开朗基罗拿到了教皇支付的第五笔工程款400杜卡特。在公开展示半边天顶壁画一个半月之后，在完成《创造夏娃》14个月之后，米开朗基罗终于再次拿起画笔站在了天顶墙壁下。

这次他最先开始的是现在广为人知的《创造亚当》。一共用了16个工作日时间，前后一共差不多三个星期。这幅壁画米开朗基罗是从左往右开始绘制的，最先画的就是亚当，用了4个工作日。右边的上帝也用了4个工作日。

一年之后的米开朗基罗和一年前有所不同，他画的上帝也不一样。《创造夏娃》里，上帝身穿几件厚大的袍服，身体笔直僵硬地站着，画面简单；而《创造亚当》中上帝穿的十分单薄，扭身悬空，背后被一面张开的斗篷罩着，斗篷里还有数十名天使和一个年轻女性（有学者认为这是还未创造的夏娃）。夏娃的创造，上帝右手掌心向上，用亚当的肋骨凭空变出；而亚当，上帝以指尖轻触的方式，创生亚当。

圣经里记载的很清楚：

早期描述这一主题的绘画和雕塑作品，都恪守这个记述。到了文艺复兴早期，画家和雕塑家就开始逐渐摆脱圣经的束缚，以自己的理解来诠释。佛罗伦萨的洛伦佐·吉贝尔蒂所创作的“天堂之门”是代表作品，其中上帝创造亚当是抓住他的手，像是要扶他起来。这样的改变还有很多，但上帝基本都是站着，伸手去扶起或抬手为亚当赐福的姿态，像腾飞、伸出手指指尖轻触的这样姿势，米开朗基罗是第一个这样设计的人。

我们现在普遍认为创世纪天顶壁画中最精彩的一幅是《创造亚当》，《创造亚当》里最令人感到精妙的地方在于上帝右手食指和亚当左手食指相对的部分，给人一种无比玄妙的感觉。这平凡的一触成为焦点，其实还要从1950年开始。瑞士著名艺术评论者Acaert Skira出版的三卷彩色版的《Painting-Colour-History》，书中截取了米开朗基罗《创造亚当》中上帝和亚当伸出的手，用这个点将米开朗基罗其他很多作品介绍给世界的读者。之后这个场景可算是被用烂了。

讽刺的是，这幅画虽出自米开朗基罗之手，但我们现在认为最重要的部分——亚当的左手，并不是米开朗基罗的真迹。1560年，教堂出现结构瑕疵问题，顶部部分区域出现裂痕。1565年，米开朗基罗去世的来年，教皇下令维护教堂。四年后，一位名为"Carnevale" 的摩德纳画家受命修复天顶壁画的裂痕处，在此他重新绘制了因开裂而受损的亚当左手部分。Carnevale是绘画史上并无显著成就的普通画家，但他却承接了亚当指尖修复工作，说明天顶壁画里，《创造亚当》在当时或许并不是最引人注目的地方。

完成《创造亚当》，米开朗基罗顺道画了两侧包括拱肩和玄月壁的人物，之后开始向里推进，完成了第七幅《创世纪》叙述内容。由于细部描绘的极度欠缺使这幅画的主题难以断定，有人说是“上帝分开水陆”，有人说是“上帝分开天地”，有人说是“创造鱼”，我们暂时称为《神分水陆》。

虽然细节欠缺和手法简约，但这幅画却用了26个工作日，前一幅《创造亚当》也只用了16个工作日。据考证，速度变慢的主要原因可能在于上帝的姿势。

画中的上帝身体以前缩法呈现，也体现了米开朗基罗手法上的转变。前缩法是一种高明的仰角透视法，这一手法的用意在于借助拱顶上绘画内容的远近关系，让观看者感觉头顶上的人物似乎处在三维空间中。画中的上帝似乎以45°的角度飞出天顶平面。根据地面上得到的视觉效果，上帝几乎是头下脚上地往下飞，头与手伸向观者，双腿拖在后面。

米开朗基罗之所以决定尝试这种前缩法，无疑是受了前半部拱顶湿壁画揭幕后的影响。西斯廷天顶上的许多人物虽姿势设计颇为创新，却让人觉得是平贴画面，未有跳出来的立体感，就好比是在直立的墙上而不是高悬于头顶的天顶上。

到1512年七月之前，复工之后短短九个月时间，米开朗基罗已经完成了天顶壁画《创世纪》主体内容和大部分旁支区域。在《神分水陆》之后的《创造日、月、草木》和《神分昼夜》两幅壁画，创作过程顺利且快速，特别是《神分昼夜》。

《神分昼夜》是九幅《创世纪》中构图最简约的一幅。上帝的姿势“对立平衡”，腰部和肩膀的的转向相反，双手高举，拨开光明与黑暗。这个上帝也使用了前缩法呈现，同时也是整个壁画中公认的米开朗基罗用仰角透视法以来最成功的一幅作品，甚至可以说在同类作品中也属顶级水准。值得一提的是，这幅近60平方英尺的画面，米开朗基罗仅用了一天时间，且可以说不费吹灰之力。

此时工程时间一直在超出米开朗基罗预期，从开始预计的五月，到九月，又到十一月一号万圣节，米开朗基罗越来越急躁。原因有很多，主要的是因为当时整个社会处于战事状态，罗马教廷与意大利境内和法国的冲突在不断扩大，教皇尤利乌斯身体状况日渐愈下。米开朗基罗越来越想回家，说他一直在赶工也不为过。

在这种状态下，米开朗基罗完成了壁画中一个特殊人物，先知耶米利。

垂头沉思、双眼望地、右手支撑、神情阴郁的耶米利，这个感觉不得不让人联想到罗丹的《思想者》。

而且一般认为这是米开朗基罗的自画像，奇丑无比。这又让人想起拉斐尔在《雅典学院》补上的赫拉克利特，没有任何证据证明米开朗基罗在此之前是否到过署名室看过《雅典学院》，但无疑在米开朗基罗在七月之前已经知晓拉斐尔为《雅典学院》增绘了一名人物。不管是赫拉克利特还是耶米利，从这两人的故事身上或多或少地可以看出米开朗基罗的性格特点。

到了八月，佛罗伦萨被战争围绕，八月底，佛罗伦萨旁边的Prato，发生了恐怖的屠城事件，几千人横尸遍野，佛罗伦萨城内也是人心惶惶。米开朗基罗写信让家人逃到锡耶纳避难，而自己父亲不靠谱的种种行为让他感到无比愤怒和沮丧。之后他给父亲的信中写道：

在这种极度焦虑和沮丧期间，他和助手们花了很多时间在最后两面三角穹隅上，也就是《哈曼的惩罚》和《铜蛇》。如果说米开朗基罗未能在九月之前结束整个工程的原因，这两幅壁画可以说占主要因素。而这两幅也显示了米开朗基罗四年之后纯熟的手法和在湿壁画领域以达到登峰造极的功力。

《哈曼的惩罚》用了24个工作日，生动的构图让靠在树干上的哈曼被很多人认为是整个天顶上画的最好的人物。米开朗基罗对哈曼的整个姿势摸索了很长时间，就遗留下的素描稿图数量来说，《哈曼的惩罚》绝对是最多的。

而《铜蛇》则花了更长的30个工作日，只有四年前《创世纪》刚开始的前两幅比这个工作时间更长了。画中被蛇缠身的逃难者与古代作品《拉奥孔》十分相似。

1512年10月27日开始，米开朗基罗和助手们开始拆除脚手架和挂在上面的帆布。整个历时近四年零五个月的努力，米开朗基罗的心血终于可以呈现在世人眼前。当然后面还有一些琐碎的事情需要处理，包括工程款的事情。但对于米开朗基罗而言已经心满意足了，终于可以放下画笔重拾起锤子和凿子。

整个西斯廷教堂天顶的绘制从头到尾，可以看出米开朗基罗在不断地挣扎和反抗，现在我们觉得他是前无古人后无来者的天才，但当时的他，也一直被很多烦恼所环绕。他给自己树立的目标都是很宏伟，包括一直想为教皇尤利乌斯二世修建陵墓，他难过，愤怒，沮丧，却一直不曾放弃。在没有湿壁画经验、在被教皇一直打压、在无法预期工作进度和结束时间、在被他人等着看笑话的情况下，他带着常人无法理解的心情放下手中的锤子、凿子和自己熟悉的大理石，接受了西斯廷天顶湿壁画绘制工程。

他没有因为任何限制条件而降低自己作品的标准，没有因为痛苦和沮丧而影响自己的创作，这也许就是他的伟大之处。