GraphPad Prism 10 User Guide

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GraphPad Prism 10 User Guide

2024-07-13 12:58| 来源: 网络整理| 查看: 265

Prism提供了在对数据执行适当分析后,自动将带P值(或相关星号)的线条或括号添加到数据图表中的能力。如需访问该功能,只需单击位于工具栏绘图部分的工具栏按钮(或者从“插入”菜单中选择菜单项“成对比较”)。

 

哪些分析具有Prism可以自动绘图的比较?

T检验

可以自动添加所有变量(成对/不成对、参数化/非参数化)的比较。

多重t检验

可以从该分析的所有变量(成对/不成对、参数/非参数)中自动添加成对比较。但比较的数量可能会迅速变得太大,以至于无法在单个图表上以易于解释的方式显示。

单样本t检验和Wilcoxon检验

仅当数据中无子列,或者(如果有子列)选择默认选项“求各行中重复样的平均值”时,这些选项才可用。

单因素ANOVA

可以自动添加所有变量(成对/不成对、参数化/非参数化)之后的多重比较的所有选项。

双因素ANOVA

可以自动添加用于比较单个单元格平均值的多重比较(但并非整行/整列比较)。双因素ANOVA的适当多重比较包括:

•将每个单元格平均值与该列中的其他单元格平均值进行比较(仅适用于恰好两行的双因素ANOVA)

•将每个单元格平均值与该行中的其他单元格平均值进行比较(仅适用于恰好两列的双因素ANOVA)

•在每行中,比较列(行中的简单效应)

•在每列中,比较行(列中的简单效应)

•不考虑行和列比较单元格平均值

 

“设置成对比较格式”对话框

执行适当分析(或从旧版本的Prism中重新计算适当的分析)后,首次单击工具栏时,将自动为该数据集的分析中包含的所有比较添加行和星号。大多数时候,这便是您所需执行的所有操作!

但如果您想要自定义比较线条/括号的外观,则第二次单击工具栏按钮(或双击其中一条比较线条),将显示“设置成对比较格式”对话框。

“外观”选项卡

该对话框的第一个选项卡(外观)提供了许多控件,可用于自定义添加到图表中的成对比较的外观。首先,您可以选择显示数值P值或星号。如果选择显示数值P值,您还可以添加前缀(例如,内置“P=”或“p=”选项),或者您喜欢的自定义前缀。此外,您还可以选择显示全部成对比较,或者只显示对应于低于指定截止阈值的P值的成对比较(可以手动输入0到1之间的自定义值)。

通过该选项卡上的其他选项,您可以:

•从三种不同的括号样式中选择

•自定义括号的外观(厚度、颜色和样式)

•单独更改文本标签和星号的大小

•指定每个括号与其标签之间的距离

“图表”选项卡上的比较

该对话框的第二个选项卡(图表上的比较)允许您选择需在图表上显示或隐藏的特定比较。默认情况下,由分析定义的所有比较均显示在图表上。如果使用该对话框取消选择全部成对比较(或通过删除操作从图表中移除),则单击成对比较工具栏按钮,将重新打开所有比较线。

 

设置单条比较线条的格式

如需更改单条比较线条的设置,只需右击需要自定义的线条。在出现的菜单中,可以选择更改:

•文本字体、颜色、尺寸和外观

•线条颜色、粗细和样式

•标题位置(对于垂直图表,用于控制文本位于线条上方或下方。对于水平图表,用于控制文本位于线条左侧或右侧。)

•对于水平图表,还可以将文本方向选择为“向上”或“向下”。

请注意,所有这些项目也可以同时应用于多重比较线条。只需单击并拖动选择多重线条,或者在应用自定义设置前按住键盘上的shift键单击多重线条。

 

选择需显示的测试

Prism只会自动显示单次分析的比较结果。如果您已经在图表数据集上执行过上列多项检验(不太可能需要这样做,或者在某些情况下适于这样做),则您需要确定哪项检验包含您想要显示的比较。如果您之后决定显示针对同一数据执行的不同检验的比较信息,则可从“设置成对比较格式”对话框的“图表上的比较”选项卡的下拉菜单中,选择需要显示的分析结果。

 

从图表中删除成对比较线条

如果您决定不再需要图表上的比较线条,有多种删除方法可供选择。如需删除单根比较线条,可通过单击来选中需要删除的线条,然后按下键盘上的“delete”键。或者,可以打开“设置成对比较格式”对话框,切换到“图表上的比较”选项卡,并在列表中取消选择所需的比较。

如需继续从图表中删除所有比较线条,单击“成对比较”工具栏按钮的下拉部分,然后选择“删除成对比较”。或者,可以打开“更改”主菜单,选择“成对比较”,然后选择“删除成对比较”。注:不会简单地隐藏比较线条。将从图表中删除比较线条,并清除已应用于这些线条的任何自定义外观设置。

 

来自单张图表上多张数据表的数据

该功能仅在图表上显示单张数据表中的数据时有效。如果比较中包含来自多张数据表的数据,则该比较不会显示在图表上

 

不支持图表类型

在某些情况下,即使对数据进行适当分析,也无法在图上自动绘制成对比较的结果。通常归因于图表中存在堆叠组。考虑表1和图1中显示的以下数据,作为不存在添加成对比较结果问题的示例:

表1

 

条件1

条件2

A组

10

12

8

9

7

8

B组

16

14

15

9

11

7

对表1中的数据进行双因素ANOVA(无重复测量)。进行多次比较,比较“各单元格的平均值与该行中其他单元格的平均值。”(换言之,条件1下的A组与条件2下的A组相比较,条件1下的B组与条件2下的B组相比较)。如图1所示,可以使用线/星号显示这些多重比较的结果,不会出现任何问题。

但如果使用堆叠分组图,则无法准确显示结果。该问题显示在以下图2中。

 

如以上图2所示,正在进行比较的组目前堆叠在彼此的顶部(例如,条件1下A组的点和条件2下A组的点堆叠在同一位置)。因此,正在进行比较的组之间的水平距离为零!为在图2中添加比较线,这些线的长度需要为零,因此不绘制。

不支持的图表类型

在Prism中添加成对比较的能力取决于生成的图表类型及其所属的图表族。目前,成对比较不能添加到属于以下图表族的图表中:

•XY

•生存

•嵌套

•整体部分

•多变量

•嵌套

•热图(分组图的一部分)

•三因素(分组图的一部分)

 

使用Wand进行分析但从未查看结果

在一种场景下,有效分析和有效图形仍会导致Prism显示警告,提示不能将成对比较添加至图形。使用wand工具复制数据分析但尚未查看结果时,会出现这种情况。实质上,如果不访问(和加载)重复分析的结果,则成对比较特性不能显示选定比较的适当P值汇总。

此处的解决方案是在尝试将成对比较添加至图形前,简单地打开重复结果表。        

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