由於長江是重要經濟發展區域，自然生境難以在短期內顯著改善，遷地保護是避免長江豚類絕種的直接方法。位於湖北的天鵝洲國家級保護區於1992年成立，這段長江故道曾是白鱀豚的分布水域，是實施長江豚類遷地保護的理想地點。近年來，天鵝洲保護區通過漁業資源增殖放流、水生植被及魚類產卵場修復等措施，令故道的環境有所改善，而區內的江豚種群數量由2010年的20餘，發展到現時的逾60條，撇除從野外救助及引入的個體，五年間淨增長逾倍。2015年11月，保護區為59條江豚進行身體檢查，雌雄比例為28:31，兩歲以下的幼豚達17條，顯示近兩年該保護區的種群繁殖非常成功。當然，遷地保護群體由於棲息地狹小、種群數量少及與自然種群相隔等因素，容易因近親繁殖等問題令遺傳多樣性和種群適應度下降，從而增加滅絕的風險，因此，種群的遺傳資源評估是遷地保護工作的重要一環。

在香港海洋公園保育基金的資助下，保護區人員按照長江江豚的親緣關係評估和遺傳譜系研究結果，找出天鵝洲保護區中繁殖後代較多的成年個體，以遷移到湖北新建的何王廟保護區，為該遷地保護區的建立和發展奠定基礎，並避免及緩減天鵝洲保護區群種中可能出現的近親繁殖。天鵝洲保護區的江豚環境容納量估計為80-100條，預料在數年內將會飽和，因此有需要定期將江豚移送其他保護區，以支持整體的長江江豚遷地保護工作。今年，保育基金正資助四項研究，分別針對鄱陽湖江豚種群的考察、天鵝洲保護區地理訊息系統的構建、新成立的何王廟故道保護區的保育管理與社區發展之間的協調，以及國內的社區保育推廣工作。