MySQL的默认端口号是3306是由MySQL服务器在设计时规定的。在设计MySQL时，需要为服务器和客户端之间的通信选择一个端口号。端口号的选择需要考虑多个因素，例如是否已经被其他应用程序占用、是否易于记忆等。

MySQL服务器在启动时会监听3306端口，等待客户端的连接请求。一旦客户端连接到该端口，就可以与服务器建立通信，并开始执行SQL查询等操作。如果将端口号更改为其他值，则需要确保客户端在连接到服务器时使用正确的端口号。

需要注意的是，为了确保安全性，建议将MySQL服务器的端口号更改为非默认值。这样可以增加攻击者猜测端口号的难度，并且可以降低受到网络攻击的风险。