该电影改编自弗朗西丝·霍奇森·伯内特同名作品，讲述了失去双亲的玛莉投靠唯一的亲人舅舅，在那儿，玛莉认识了能和鸟类说话的小男孩迪肯、脾气暴躁的表弟科林和一座荒废隐密的花园，他们在属于自己的秘密花园中建构身心的快乐殿堂的故事。

玛丽的爸爸是英国驻印度的官员，总是忙于公务；她的妈妈整天只想着寻欢作乐。她一出生就由奶妈照看，整日和奶妈以及其他印度仆人待在一起。玛丽的脾气暴躁易怒，动不动就又哭又闹，大家都不喜欢她。

一场灾难后，父母去世，仆人们都逃走了，没有人理会玛丽的生死。玛丽被送到了她在英国的姑父家。

姑父在爱妻过世之后，变得阴郁古怪、消沉遁世，掩埋了花园的钥匙，十年不曾允许任何人出入花园，想借此阻断对亡妻的思念。他每次见到长着和妈妈一样漂亮面容的儿子柯林，都会引起更大的悲伤，于是他选择逃避，终年在外漂泊。

玛丽由仆人照顾长大，她从小就缺少父母的陪伴。在别人看来，她是个性格孤僻的孩子。玛丽让女仆帮她穿好衣服后，她又把脚伸了出去，等着女仆帮她穿鞋，她认为这是仆人的本分。孤独的玛丽在女仆玛莎的鼓励下，开始尝试在庄园里寻找自己的乐趣。

她认识了性格古怪但善良的花匠和友好伶俐的知更鸟。在知更鸟的指引下，玛丽找到了开启秘密花园的钥匙。在那里，她结识了喜欢和动物交朋友的迪肯，他们一起在秘密花园里整理、耕种。劳动和快乐使面色苍白的玛丽脸上泛起了健康的红润，食量慢慢增加，身体也变胖了，人也变得漂亮起来。更为重要的是，她由霸道孤癖变得随和亲切，忘记了忧愁和痛苦。

一天半夜，玛丽醒了。天又开始下雨了，狂风在房子周围猛烈地刮着。耳边想起了她经常听到的哭声，这次她决定要搞清楚那个人是谁。她穿过一扇扇门，来到了这所大房子的另一侧。终于她找到了那个房间，推开门，走了进去。

那是个很大的房间，摆着古旧的家具和油画，非常漂亮。在一张大床上躺着一个男孩，看上去疲惫、烦躁。他的脸颊消瘦、苍白，挂满了泪痕。他瞪大眼睛看着玛丽。原来这就是克莱文先生的儿子——少爷柯林。

柯林刚出生不久，母亲就去世了；父亲悲痛欲绝，根本不想看见他，还整天念叨着柯林以后也会变成个驼背。大家都担心柯林会变成驼背，让他从小就躺着，不敢让他多活动。因此，柯林缺乏运动，食欲不好，也呼吸不到新鲜空气，晒不到太阳，他也就体弱多病。 听着柯林伤心的哭泣，玛丽耐心地宽慰他。

她经常去柯林的房间给他讲述春天迷人的景象，当玛丽告诉柯林，没有人敢提起秘密花园的事，柯林则毫不在意地说自己能让仆人说出真相。在柯林面前，所有人都小心翼翼的，生怕惹恼了他。柯林对仆人呼来喝去的，还会顶撞医生。最终玛丽用自己的乐观感染了柯林，帮助他战胜了“心魔”，把他带进了生机盎然的秘密花园。

沉睡了十年的花园在他们的辛勤劳动下苏醒了。那里百花盛开，绿草如茵，处处能听到令人愉悦的鸟鸣，空气中弥漫着沁人心脾的芳香。在这座花园中，柯林体会到了从未有过的开心和幸福。

在过去的多年中，克莱文先生在遥远的地方四处周游，从大自然中寻得解脱。在景色宜人的野外，克莱文先生终于摆脱了长期困扰他的丧偶之痛。在静谧的大自然中他感受到一种宁静正占据他的内心，这宁静越来越深沉，冥冥中他听到亡妻和儿子的呼唤，梦醒后终于恍然大悟回归家庭。柯林终于收获了久违的父爱…