清朝初期沿袭明制，设四殿二阁，即保和殿、中和殿、文华殿、武英殿、文渊阁和东阁。但内阁受制于议政王大臣会议，只是转达表章的机构，大学士并不入阁办事。

康熙时，议政王大臣会议的权力被大部剥夺，决策多由南书房作出。康熙于大臣中简任若干入值南书房，参与机务。但南书房不是正式机构，也不能行文或指挥其他衙门。

雍正时设"军机处"，有军机大臣三人至六人、军机章京若干人，成为权力中枢，皇帝的诏令多由军机处发出。但有清一代，正式诏书等均以内阁名义拟出，臣下正式奏章也递交内阁。

大学士的名称前要改加殿、阁衔，数目为六人。最初明朝大学士共"四殿""两阁"。四殿者，中极殿大学士(原为华盖殿)、建极殿大学士(原为谨身殿)、文华殿大学士、武英殿大学士也。两阁者，文渊阁大学士、东阁大学士也。清朝则称"中和殿大学士""保和殿大学士""文华殿大学士""武英殿大学士 ""文渊阁大学士""东阁大学士"。

乾隆年间改"中和殿大学士"为"体仁阁大学士"，成为"三殿三阁"，设满汉大学士各二人，又有协办大学士满汉各一人作为替补。因前有议政王大臣会议制约，清内阁实际权力受到限制，后有军机处，成为了当时名义上的百僚之长。