靶向蛋白降解策略用于神经退行性疾病治疗的最新进展与挑战

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靶向蛋白降解策略用于神经退行性疾病治疗的最新进展与挑战

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图1. 常见神经退行性疾病的病理部位、致病机制和靶向蛋白降解技术

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神经退行性疾病的发病机制

ND 可分为 HD(亨廷顿舞蹈症)、tau蛋白病和 PD(帕金森综合征)。亨廷顿病是一种常染色体显性遗传的神经退行性疾病,由 HTT 外显子 1 中的 CAG 重复异常扩增至超过 35 个重复,随后导致 mHTT 蛋白表达,导致神经元功能障碍和死亡。它会导致运动功能障碍和认知障碍等症状。而Tau蛋白病通常包括 AD、FTD 和进行性核上性麻痹(PSP),通常有过度磷酸化tau蛋白(p-tau)的病理积累,如细胞内成对螺旋丝(phfs)或神经纤维缠结(nfts),导致受影响脑区神经元和胶质细胞死亡。帕金森病的特征是黑素细胞中多巴胺能神经元的丢失。α-syn是PD病理过程中的关键蛋白。α-syn以白神经突起的形式异常积累和错误折叠与PD神经元的功能障碍和变性有关。

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基于泛素-蛋白酶体系统(UPS)的靶向蛋白 降解技术用于神经退行性疾病的治疗

随着研究人员越来越认识到UPS途径在蛋白质降解中的重要性,已经开发了许多基于UPS的TPD技术。鉴于NDs致病靶蛋白难以成药的缘故,开发基于UPS系统的靶向蛋白质降解药物用于NDs治疗可能是一个全新有效的且富有治疗前景的策略。

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用于神经退行性疾病治疗的PROTAC

1.1 用于亨廷顿病治疗的 PROTAC

研究报道,PROTACs可在体外有效降解 mHTT蛋白(mHTT蛋白是亨廷顿舞蹈症研究的最佳生物标志物之一)。研究人员以BTA 和 PDB 作为mHTT 配体,BE04 和 MV1 用作 E3 泛素配体,开发靶向 mHTT的 PROTAC(化合物1和2,图2)。然而,这两种化合物都未能有效地区分野生型 HTT(wtHTT) 和 mHTT,导致 wtHTT 水平下降,这被认为是一个潜在的安全隐患。因此,在HD治疗方面,PROTAC的选择性还有待进一步研究。

图2. 用于治疗神经退行性疾病的PROTAC及DUBTAC的作用机制

1.2 用于Tau蛋白病治疗的PROTAC

PROTAC对tau降解的研究最早始于2016年,研究人员首次证明了靶向tau蛋白的PROTAC可以有效诱导tau蛋白的降解,并有效地降低了由Aβ引起的细胞毒性。在3xTg-AD小鼠模型中也进一步证实PROTAC可以促进小鼠海马ca3区和大脑皮层区中tau蛋白的降解。此外,研究人员还分别报道了基于VHL配体和CRBN配体的tau蛋白降解剂(化合物3和4,图2A),其中,化合物3降低了 tau 介导的神经元应激脆弱性,并且对健康神经元中的 tau蛋白影响甚微。2021年,研究人员报道了一种名为C004019,以VHL配体作为E3连接酶配体的tau蛋白降解剂(化合物5,图2A),WB实验表明该降解剂在体外可有效地诱导 tau 蛋白的降解。化合物5的脑室内注射也诱导了 AD 模型小鼠中 tau 蛋白的降解,通过一系列行为实验评估小鼠的认知能力,以及结合体内LTP 和染色的结果,发现小鼠的突触和认知功能得到了明显地改善。

除了上述 AD 和 FTD 中的经典靶蛋白外,一些与疾病相关的酶也在 PROTAC 靶向降解的研究范围内。例如,糖原合酶激酶 3 (GSK-3) 属于磷酸转移酶家族中的多功能丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。目前的研究表明,GSK-3β可以促进AD的病理过程,包括tau磷酸化和Aβ肽的产生。研究人员开发了一种使用 CRBN 作为 E3 配体的 PROTAC(化合物6,图2A)以靶向和诱导 GSK-3β 的降解。并且他们发现化合物6可以减轻神经细胞的炎症反应和细胞损伤,具有神经保护作用。

DUBTAC是基于PROTACs原理开发的治疗策略。DUBTAC 也由异双功能分子组成。蛋白质靶向配体与 DUB 配体连接,以诱导 DUB分子与靶蛋白靠近,从而实现目标蛋白的去泛素化并稳定靶蛋白水平(图2B)。因此,DUBTAC 技术可以通过稳定 AD 治疗中的神经保护蛋白,以起到相应的治疗作用。

1.3. 用于帕金森病治疗的 PROTAC

2020年,研究人员开发了针对α-Syn的PROTAC用于治疗AD和PD。据报道,有 6 个分子在体外对α-Syn均表现出较好的降解效果 ,其中 4 个PTOTAC的Dmax达到了65%(化合物7-10)(图3A),其余两个PROTAC也分别(化合物11-12)降解了30-65% 的 α-Syn(图3B)。目前,针对 α-Syn 的 PROTAC在体外的研究结果积极,极大地鼓舞了进一步的体内研究。

图3.靶向α-Syn的PROTAC化学结构

目前,PROTAC 技术在治疗 NDs 方面已显示出积极的治疗前景,例如其独特的靶向“不可成药”靶点以及突变蛋白的能力。由于 PROTAC 技术需要依赖 UPS 系统来降解目标蛋白,因此其降解蛋白聚集体和其他非蛋白质分子的能力似乎有限。目前,PROTACs在 NDs 治疗中也面临一些挑战,如PROTAC 的分子量较大,导致细胞渗透率低及较差的理化性质,其次不能有效降解细胞外蛋白和膜蛋白以及细胞器,有限可利用的 E3 连接酶等等。

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用于神经退行性疾病治疗的疏水标签降解剂

图4.基于疏水标签降解剂的降解机制

2.1用于阿尔茨海默病治疗的疏水标签

2017 年,研究人员设计并合成了一种具有三重功能的疏水标签,用于靶向 tau 蛋白降解。HyT-Tau-CPP(包括化合物 15-19,图5)由疏水基团、tau 蛋白配体和细胞穿膜肽组成。并且后续的体内外实验均证明了疏水标签对tau蛋白的特异性降解。HyTs 依赖于泛素-蛋白酶体途径来降解靶蛋白。与 PROTAC 技术不同的是,HyTs 不能够区分正常tau 蛋白和异常tau蛋白,也不区分聚合tau蛋白和溶解 tau蛋白。

图5. 降解 tau 蛋白的疏水标签

2.2用于肌萎缩侧索硬化症治疗的疏水标签

TAR DNA 结合蛋白 43 (TDP-43) 是 ALS 的关键治疗靶点。2019年,研究人员设计了靶向TDP-43蛋白的疏水标签用于治疗ALS(化合物20,图6)。疏水标签包括三个功能部分:HyT(疏水基团)、TDP-43蛋白配体和CPP(细胞穿透肽)。果蝇模型的体内外实验均表明它可以诱导TDP-43的降解。然而,由于降解活性不高,且降解需要大剂量的HyT,同时降解剂对细胞表现出轻微毒性,因此,如何降低疏水标签的细胞毒性也是后续研究的关键焦点。

图6. 靶向 TDP-43 细胞穿透肽 (CPP) 的疏水标签 (D4) 结构

HyTs的降解作用依赖于泛素-蛋白酶体途径,但基于疏水标签降解的具体机制还有待进一步研究,例如疏水性标记介导的降解与分子伴侣的关系等。研究表明疏水标签可渗透 BBB,但由于使用的剂量大,它们可能会造成不可避免的细胞毒性,这仍需要进一步研究解决。HyTs 分子量小,独立于泛素化和 E3 连接酶,被认为在 AD 和 ALS 的治疗中具有重要的研究价值,尽管目前HyTs对 tau蛋白降解的研究较少,但它对包括 FTD 和 PSP 在内的tau蛋白病仍然具有很大的研究前景。

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依赖溶酶体途径的神经退行性疾病疗法的 靶向蛋白降解技术

泛素-蛋白酶体途径具有降解靶蛋白的巨大潜力,但它通常具有许多局限性,例如在降解非细胞内蛋白、细胞器和聚集蛋白方面效率低下等。据统计,大约 40% 的人类蛋白质组是胞外蛋白,并且这些蛋白在疾病进展中起重要作用。因此,需要开发新的独立于UPS的TPD技术,以满足NDs中靶向蛋白降解的需求。

与泛素-蛋白酶体途径不同,溶酶体途径不限于胞内蛋白的降解。溶酶体途径通常包括两种降解靶蛋白的机制,即内体-溶酶体途径(ELP)和自噬-溶酶体途径(ALP)。研究人员开发了LYTAC、AUTAC、ATTEC等蛋白质降解技术,进一步补充了依赖UPS通路的TPD技术的空缺,并有可能弥补依赖UPS途径的TPD技术治疗NDs的诸多不足。

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用于神经退行性疾病治疗的LYTAC

与 PROTAC 不同,LYTAC可以通过内体-溶酶体途径降解细胞外和膜相关蛋白。LYTAC由两部分组成:靶蛋白配体和细胞表面溶酶体靶向受体(LTR)配体。内源性LTR可以结合细胞外糖蛋白并将它们运送到溶酶体,并且靶蛋白配体可以由抗体或抗体片段等多种成分。

图7.基于溶酶体途径的靶向蛋白降解剂

1.1 LYTAC 靶向细胞外蛋白用于神经退行性疾病治疗

LYTAC作为一种新兴的蛋白质靶向降解技术,虽然在治疗NDs方面的研究成果不多,但已显示出巨大的治疗潜力。2020 年,首次在体外证明了 LYTAC 靶向降解载脂蛋白 E4 (ApoE4),这是一种与 AD 相关的细胞外蛋白。同时,LYTAC 技术也被认为具有降解 HD 中 mHTT 蛋白的潜在能力。此外,LYTAC能够降解细胞外蛋白和膜蛋白,以细胞类型特异性方式抑制癌细胞增殖,这再次体现LYTAC技术在降解NDs细胞外致病蛋白方面的潜力。因此,推测 Aβ 和其他在细胞外异常积累的致病蛋白可能是 LYTAC 降解的潜在靶点。然而,该技术与靶蛋白之间的特异性相互作用需要进一步研究。尽管如此,LYTACs作为一种新兴的可靶向非胞内蛋白的TPD技术,有望弥补依赖UPS系统的TPD方法的空缺,但仍需要更具体深入的研究。与PROTACs一样,LYTAC技术也面临着分子量大的问题。另外,LYTAC技术所依赖的LTR细胞特异性较差,LTR配体也可能引起宿主免疫反应。

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用于神经退行性疾病治疗的 AUTAC

自噬是一种主要的细胞内降解途径。细胞质物质被运送至自噬小体中,自噬体与溶酶体融合并通过溶酶体水解酶降解其内容物。AUTAC主要由三部分组成,分别是靶蛋白的靶向配体、连接链和降解标签鸟嘌呤衍生物。AUTAC通过S-鸟苷化修饰诱导靶蛋白多聚泛素化,使靶蛋白进入自噬体,并与溶酶体融合,从而实现靶蛋白的降解。与PROTACs等技术相比,AUTAC技术可以降解碎片细胞器,进一步拓宽了TPD靶蛋白的范围。因此,AUTAC技术在治疗NDs等疾病方面具有巨大的治疗潜力。然而,AUTAC技术同样存在诸多不足,如自噬靶点泛素化的类型和作用机制不清楚,这阻碍了具有更好靶点选择性的AUTAC的开发,可能会导致标签后逃逸等现象的发生。

2.1用于帕金森病治疗的 AUTAC

α-Syn 是 PD 病理学中的关键蛋白,α-Syn 的异常积累和错误折叠与 PD 神经元的功能障碍和退化有关。研究表明,自噬的激活可以减少 α-Syn 的异常积累。虽然目前还没有具体的实验证明AUTAC技术可以诱导α-Syn降解,但AUTAC技术的发展无疑为α-Syn降解治疗PD提供了新的可能。

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用于神经退行性疾病治疗的ATTECs

自噬束缚化合物是一种自噬介导的 TPD 技术,ATTEC分子可以将自噬膜表面的自噬蛋白LC3与靶蛋白结合,从而通过自噬途径降解靶蛋白。与PROTAC结构不同,ATTEC 的分子结构更像是分子胶。ATTEC 分子通过直接结合 POI(目标蛋白)和关键的自噬蛋白 LC3 的作用,将 POI 运送到自噬体进而降解。ATTEC 具有相对较低的分子量,一些 ATTEC 分子可以穿透 BBB。与 PROTAC 不同,除了可以降解细胞内蛋白质外,ATTEC 还可能靶向降解非蛋白质底物。

3.1用于亨廷顿病治疗的ATTECs

2019年,研究人员通过采用高通量筛选的策略设计了靶向mHTT的ATTECs。通过向HD小鼠腹膜内注射该化合物证实了药物可以穿过BBB,从而诱导mHTT 降解。此外,在用该化合物处理的培养的神经元中未观察到细胞毒性。随后的动物模型中进行行为和表型测试实验结果也表明,靶向mHTT的ATTECs可以明显减轻HD动物模型中的相关症状。

目前,ATTEC作为一种靶向蛋白降解技术,具有分子量低、靶向特异性强、靶向非蛋白结构的潜在能力等优点,在NDs治疗领域具有重要价值。但ATTEC技术还有很多缺陷需要改进:目前ATTEC的设计缺乏通用且系统的指导策略,同时对与LC3蛋白相互作用的化学分子了解甚少。

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分子伴侣介导的自噬用于神经退行性疾病治疗

图8.CMA介导的蛋白降解机制

研究表明CMA 已用于 NDs 领域的研究和开发,研究人员在非HD细胞和小鼠模型中发现了分子伴侣介导的自噬(cma)的代偿性上调,这表明由于自噬功能障碍导致的HD早期阶段,CMA活性增加,并随着年龄的增长而下降。此外,有研究表明 CMA 激活可降低 tau 蛋白水平,说明CMA途径和NDs治疗之间存在相关性。2021年,二甲双胍被确定为CMA的新型诱导剂,二甲双胍可以通过诱导APP/PS1 小鼠海马受体中 Hsc70 过表达而诱导的 CMA 激活,缓解了这种AD小鼠模型认知功能缺陷症状,表明CMA激活是治疗AD的有效策略。

— 小结—

随着全球人口老龄化,神经退行性疾病患者逐渐增多,患者的记忆力、认知力和运动能力都会不同程度受损。NDs的药物研发至少面临三个巨大难题:

1、易于聚集的蛋白会引起疾病的发生但与内在功能无关;

2、药物透过BBB的能力有限;

3、药物不良反应的存在。

目前没有神经退行性疾病可以被治愈,但随着新的TPD技术的不断发展和靶向蛋白降解的分子设计系统的改进和完善,可以预见全新且有效的NDs疗法。随着TPD技术在NDs领域的不断深入研究,有望解决目前遇到的技术瓶颈,减轻ND患者的痛苦,提高人们的生活质量。

参考文献:

1.Protein aggregation and neurodegenerative disease. Nat. Med. 2004, 10, S10−S17.

2.A. Novel approaches for the treatment of Alzheimer’s and Parkinson’s disease. Int. J. Mol. Sci. 2019, 20, 719

3.Comprehensive review on Alzheimer’s disease: causes and treatment. Molecules 2020, 25, 5789.

4.PROTACs and other chemical protein degradation technologies for the treatment of neurodegenerative disorders. Angew. Chem., Int. Ed. 2021, 60, 3346−3354

5.Proteolysis targeting chimeras (PROTACs) are emerging therapeutics for hematologic malignancies. J. Hematol. Oncol. 2020, 13, 103.返回搜狐,查看更多



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