抗体与磁珠结合。Dynabeads磁珠预先包被Protein A、Protein G、抗鼠IgG或抗兔IgG抗体，基于快速动力学，加入的抗体仅需10分钟即可结合到磁珠上。生物素化抗体也可用于与链霉亲和素偶联的Dynabeads结合。在磁力架上对磁珠进行一次清洗，以去除未结合的抗体。

将样品加到磁珠中。将含有蛋白质的样品掺入到结合抗体洗涤过的磁珠中，再孵育10分钟以结合目标靶蛋白。如果蛋白质是低丰度或低亲和力的，可延长孵育时间至1小时或过夜孵育；但是，孵育10分钟通常已足够。

清洗蛋白质结合的磁珠。为确保结合的目标蛋白保持高纯度，应使用缓冲液对结合在磁力架上的磁珠洗涤2-4次，以去除所有未结合的蛋白。高效的分离过程确保高信噪比。

洗脱蛋白质。如有需要，可使用温和的洗脱程序或变性洗脱程序将蛋白质从磁珠上洗脱（详见下文的洗脱说明）。