本作为大家描述在母港里生活的各位舰船的日常生活。动画的背景舞台是个冠上舰船名称的少女们所生活的世界，而且与「现在」的世界有点不同。她们隶属于许多势力同心协力组成的联合组织「碧蓝航线」。舰船们都在设置于母港里的「学园」生活。主角标枪、绫波、Z23与拉菲，在这个与不同阵营的舰船们一起生活。每个阵营的每个舰船，个性都不太一样、身材也都不太一样，而且都很独特，她们在「碧蓝航线」会编织出什么样的故事呢？