除许可合同外，还有其他各种形式的合同安排，如合作协议（或合作研究协议）、赞助研究协议、合同研究协议、咨询协议、材料转让协议（MTA）和不披露协议（NDA）（或保密协议）。

合作协议或合作研究协议由两个或多个希望合作开发和可能商业化新技术的当事方签署。各方投入人力、物力和财力、资产（包括背景知识产权）和技能。他们共同界定这种合作的目标和法律框架，包括知识产权所有权、获取权利、收益和风险共享，以及使研究成果商业化的权利。这种类型的协议可以在学术研究合作的背景下使用，特别是在研究资助下，以及用在大学与产业界联合研究项目（包括博士项目）中。

赞助研究协议规管大学或公共研究机构与赞助商之间的关系，赞助商可以是有意在与其业务相关的特定领域开发科学成果的政府机构或商业实体。研发机构接受支持研究的资助，并以优先获取和/或研究成果产生的知识产权予以回报。与合作协议相反，赞助商不一定参与研究活动，可能对成果商业化也不感兴趣。大学/研发机构通常拥有成果和所开发的知识产权，并向赞助商颁发许可证（独家或非排他性）。

当一家商业公司“雇用”大学或公共研究机构进行研究以实现某一商业目标时，便会签署合同研究协议。研究目标由公司界定，目标为商业性，而非学术性。立约人全面承担着研究成本、负责知识产权保护，并承担着研究的所有风险。研究成果通常由公司拥有（参见欧盟委员会（2008年）关于知识转让活动中知识产权管理的建议以及大学和其他公共研究组织的实务守则），专利发明或其他知识产权由大学转让给立约人。

咨询协议规管大学教授和/或研究人员的咨询工作，如果大学的政策允许，他们通常是以个人为单位向产业界合作伙伴提供专业服务，换取报酬。由此产生的知识产权大部分时间由公司拥有，研究人员的权利有限，仅可以公布其成果。依据学术机构的“制度性知识产权政策”和协议条款，也可以共享研发成果的知识产权所有权。

材料转让协议（MTA）涉及将实物资产和有形研究材料从供应商转移给拟用于自己研究目的的接受方。转让的资产可能包括通过许可证转让的专利材料、生物材料、化学成分或软件。协议确定了各方对转让材料、衍生材料、研究成果和相关知识产权的权利和义务。

不披露协议（NDA）或保密协议是具有法律约束力的协议，既不披露一方已经了解的机密信息，也不将其用于协议规定以外的任何目的。这些经常用于许可证或其他协议建立之前，当被许可人希望获得有关知识产权或技术的进一步详细信息之时。在合作协议的背景下，双方可能履行不披露或使用对方背景知识产权信息的义务。