睡了一觉早上起来肚子疼可能是腹部受凉、肠易激综合征、慢性肠炎等疾病导致，可以在医生指导下应用药物治疗。

1、腹部受凉：

晚上如果没有盖好被子可能会导致腹部受凉，此时腹部可能会发生痉挛性疼痛，可以通过热敷腹部的方式改善，也可以适当按摩腹部，当出现排气后，症状能够得到缓解。

2、肠易激综合征：

本病的发病原因目前尚不明确，可能与精神因素、遗传因素等有关，患病之后可能会导致胃肠动力异常、内脏感觉过于敏感，从而出现腹痛、腹泻等症状，可以在医生的指导下应用理中丸、附子理中丸、参苓白术散等药物治疗。

3、慢性肠炎：

本病的发病原因可能与细菌感染、病毒感染等有关，患病之后可能会导致肠壁平滑肌强烈收缩，造成阵发性腹痛，有些患者还有可能会同时出现肠胀气的症状，可以在医生的指导下应用消旋山莨菪碱片、硫酸阿托品片、复方仙鹤草肠炎片等药物治疗。

除了以上比较常见的原因以外，也有可能是溃疡性结肠炎导致，可以在医生的指导下应用柳氮磺吡啶肠溶片、补脾益肠丸、肠炎宁胶囊等药物治疗。平时晚上睡觉时需要注意做好腹部保暖，避免受凉。