植物损伤和宿主抗性对真菌毒素形成的影响主要体现在作物种植期间。植物体在损伤和受到胁迫环境下会增加真菌毒素污染的几率,如干旱胁迫、昆虫伤害、机械损伤等。Sanders et al.（1981）发现在干旱条件下,发育早期的豆荚容易受到黄曲霉毒素的污染,但是灌溉会使黄曲霉毒素污染显著降低;Lillehoj & Hesseltine（1977）发现,玉米发育的晚期受到干旱胁迫容易增加黄曲霉毒素污染的几率,并且只有玉米粒结构受到损伤的情况下会受到侵染,损伤的来源包括机械损伤和昆虫侵害造成的损伤,其中昆虫侵害多数是由于昆虫本身是携带真菌的污染源;有研究发现缨翅目Frankliniella昆虫种群数量与真菌污染率呈正相关（Farrar & Davis 1991）;玉米镰刀菌耳腐病与昆虫的侵害有关,通过田间调查显示,玉米被虫蛀后引起轮生镰孢菌病和伏马菌素污染率显著升高（Lew et al. 1991）;玉米种仁的损伤会增加伏马菌素的积累（Thiel et al. 1991）。除了昆虫侵害引起植物受到真菌侵染,某些真菌病毒会影响真菌的产毒（Allen et al. 2003）：Schmidt et al.（1986）研究发现一种分离自产黄青霉Penicillium chrysogenum的病毒PcV抑制黄曲霉产毒,其机制可能是病毒双链RNA抑制黄曲霉毒素的生物合成;Nerva et al.（2019）研究了不同真菌病毒的侵染对赭曲霉产毒的影响,发现赭曲霉病毒（AoV）的侵染会导致赭曲霉OTA产量增加。真菌毒素的污染与作物的品种和基因型也有很大关系：Lillehoj et al.（1987）研究发现玉米受黄曲霉毒素污染的几率与宿主的基因型有关,不同基因型的玉米品种对真菌毒素的抗性有所不同（Nerva et al. 2019）;与薄壳种皮坚果杂交的坚果品种种皮变薄,更容易受到昆虫的侵害,从而增加真菌的侵染（Hoenisch & Davis 1994）;种植对产毒真菌具有抗性的作物品种,是从源头防控真菌毒素的有效策略。花生在生长、收获及储藏期间均容易受到黄曲霉毒素的污染,应用最新的基因改良技术能够通过修饰黄曲霉毒素生物合成途径以及在花生中引入抗真菌基因,使得花生对黄曲霉毒素具有较高而且稳定的抵抗力（Sharma et al. 2006;Nigam et al. 2009）;Lehoczki- Krsjak et al.（2010）通过育种技术培育出对镰刀菌低感的小麦品种,同时配合使用杀虫剂,通过田间试验发现能够使脱氧镰刀菌烯醇含量由8-10mg/kg降低至1.25mg/kg;在玉米中转入抗虫基因使轮生镰孢菌病和伏马菌素污染率降低（Munkvold et al. 1999;Abad et al. 2008）,通过对农作物品种的改良,增强自身抵抗真菌侵染的能力也是预防真菌毒素污染的措施。