已有 9481 次阅读 2020-7-21 10:52 |个人分类:生物信息学|系统分类:科研笔记

带有显著性标记的相关性热图绘制方法

参考文献：

https://www.jianshu.com/p/d86ddf8fd48f

https://mp.weixin.qq.com/s/5tHE5apk2SwDmcSLYQx48Q

#psych包用于计算相关性、p值等信息

library(psych)

#pheatmap包用于绘制相关性热图

library(pheatmap)

#reshape2包用于输出数据的整合处理

library(reshape2)

#准备数据

#读取数据

plant=read.table("20200721--Plant.txt", header = T, row.names = 1)

lefse=read.table("20200721--Lefse.txt", header = T, row.names = 1)

#计算相关性

cor = corr.test(lefse, plant, method="spearman", adjust="none")

#提取相关性、p值

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