如何在 R 中计算 Bray

#如何在 R 中计算 Bray| 来源: 网络整理| 查看: 265

如何在 r 中计算 bray-curtis 相异度经过本杰明·安德森博 7月 21, 2023 指导 0 条评论

Bray-Curtis 相异性是衡量两个不同站点之间相异性的一种方法。

它经常用于生态学和生物学中，以量化两个地点之间发现的物种之间的差异。

计算方法如下：

BC ij = 1 – (2*C ij ) / (S i + S j )

金子：

C ij ：每个地点发现的物种最低值的总和。Si :在第 i 个地点计数的样本总数S j ：在j点计数的样本总数

Bray-Curtis 相异度始终介于 0 和 1 之间，其中：

0表示两个站点没有差异。换句话说，它们每种物种的数量完全相同。1表示两个站点完全不同。换句话说，它们不共享任何同一类型的物种。

例如，假设一位植物学家出去计算两个不同地点的五种不同植物物种（A、B、C、D 和 E）的数量。

下表总结了她收集的数据：

使用这些数据，她可以计算 Bray-Curtis 相异度，如下所示：

布雷-柯蒂斯差异

通过将这些数字积分到 Bray-Curtis 相异度公式中，我们得到：

BC ij = 1 – (2*C ij ) / (S i + S j )BC ij = 1 – (2*15) / (21 + 24)BCij = 0.33

这两个位点之间的 Bray-Curtis 差异为0.33 。

以下示例显示如何在 R 中计算 Bray-Curtis 相异性。

示例：计算 R 中的 Bray-Curtis 相异度

首先，让我们在 R 中创建以下数据框来保存数据值：

#create data frame df

【本文地址】

今日新闻