脓肿是否形成可通过是否有波动感或超声检查是否查见液性暗区判断。在脓肿形成前，可采用抗生素抗感染、局部外敷有抗感染作用的药膏。

肛周脓肿一旦形成，应尽早切开引流，浅表的脓肿如肛周皮下脓肿可以在局麻下完成，位置偏深的脓肿则需要在腰麻甚至是全麻下完成。对于有糖尿病、炎性肠病等诱因的患者在切开引流的同时还应积极治疗原发病。

对脓肿引流后感染控制不好的患者，在积极查找有无残余脓肿时，应根据细菌培养结果调整抗生素。

原则上，身体状况良好的非复杂性肛周脓肿在行脓肿切开引流术后不推荐常规使用抗生素治疗。

对于伴会阴部坏死性筋膜炎的患者，在积极手术清创的同时，必须联用高效广谱的抗生素。

主要在脓肿未形成或未切开引流时使用，但当脓肿切开引流后，无需继续使用。

对于有排便困难的患者可以口服缓泻剂来软化大便，减轻排便时的疼痛症状。

肛周脓肿一经确诊，应尽快行脓肿切开引流术，以免感染进一步扩散。根据脓肿的深浅和具体的位置，其采用的麻醉方式和手术操作步骤有所区别。

浅表的肛周脓肿如肛周皮下脓肿及部分较表浅的坐骨直肠窝脓肿可以在局麻下完成，切开后脓腔可以填塞凡士林纱布辅助引流及脓腔内止血。位置偏深的脓肿则需要在腰麻或全麻下完成，通常需要放置引流管辅助引流。

对于直肠黏膜下脓肿、括约肌间脓肿以及经括约肌间扩散形成的肛提肌上脓肿，需经肛门镜下行脓肿切开引流或切开内括约肌引流。

坐骨直肠窝脓肿与肛提肌上间隙脓肿合并时应仍经坐骨直肠窝引流，需充分扩创肛提肌，并安置引流管。脓肿切开的皮肤开口应足够大，避免皮肤先于脓肿愈合。

由于部分肛周脓肿患者并发肛瘘，对于这些患者，脓肿切开引流时是否同时行肛瘘的切开或挂线手术目前仍有一些争议，准确找到窦道及内口，避免制造假的窦道是成功的关键，建议同期手术仅在有充分经验的医院开展。对于复杂的肛瘘应在肛周脓肿痊愈后再次行肛瘘的手术来减少手术并发症。

对于合并会阴部坏死性筋膜炎的患者，应充分切开皮肤，切除坏死的皮肤及皮下筋膜，至新鲜、出血的创面为止，并同时使用高效广谱的抗生素。术后应及时检查创面，有新的坏死组织时，可每2~3天再次清创，严重的患者常常需要多次清创才能痊愈。坏死性筋膜炎有较高的病死率，行清创时应尽量彻底，不应顾忌皮肤软组织的缺损如何重建。感染邻近肛门时，应行结肠造口，避免大便污染创面。

饮食需注意清淡、软食，避免食用辛辣食物。

可服用容积性泻药，使大便变软，减轻因排便带来的疼痛。

较浅表的肛周脓肿切开引流后可以使用1:5000浓度的高猛酸钾温水（先煮沸再冷却）或温水加碘伏坐浴，将肛门浸入温水中10~15分钟，每日2~3次。

深部的脓肿切开后可以在医生指导下，使用生理盐水进行冲洗。脓腔很深者，也可用纱布松松填塞引流，避免切口皮肤先于脓腔愈合。

在脓肿形成前，可采用有抗感染作用的中药膏剂外敷。

超声或CT引导下穿刺引流方法创伤小，可以通过一个细小的切口完成，但仅适用于小的脓肿，引流效果可能不如手术彻底，可联合局部外敷抗感染药膏。

对于部分特殊类型肛周脓肿，医生会采取更具针对性的治疗方案：

药物治疗是克罗恩病肛周脓肿和肛瘘的首选，而手术往往作为控制感染或药物治疗的辅助手段。

艾滋病肛周脓肿的表现类似于克罗恩病肛周脓肿，研究显示，切开引流有效，脓肿切开应充分，不建议保守治疗。

治疗原则与肛周脓肿相同，同时结合规范的抗结核治疗。