应基于患者病史和流行病学因素（如免疫抑制，暴露于已知暴发，近期旅行，近期抗生素服用），疑似病原体、临床发现，进行相应的粪便检测。(参见 the American College of Gastroenterology's 2016 clinical guideline for the diagnosis, treatment, and prevention of acute diarrheal infections in adults.)病例通常分为

急性水样腹泻

亚急性或慢性水样腹泻

急性炎症性腹泻

通过多重PCR平板可确定致病微生物，已成为越来越常用的手段 (1)。 但这种测试昂贵，而且由于临床上可以对这些类型加以鉴别区分，或者疾病的病程是自限性的，因此根据腹泻类型和持续时间来检测特定病原体通常更具成本效益。另外，聚合酶链反应试验不允许进行抗生素敏感性检测。

急性水样腹泻 可能是病毒性的，除非腹泻持续存在，否则无需检测病毒。市场上已有快速检测粪便中轮状病毒和肠腺病毒抗原的方法，但很少需要用到这些检测方法。

亚急性和慢性水样腹泻 需要检测寄生虫，典型的方法是在显微镜下检测虫卵或寄生虫。粪便抗原测试可用于检测 贾第鞭毛虫, 隐孢子虫, 和 溶组织内阿米巴，比显微镜下的粪便检测更加敏感。

无肉眼血便的急性炎症性腹泻 可以通过检查粪便中有无白细胞以识别。典型的肠道病原体（例如, 沙门氏菌, 志贺氏菌, 弯曲杆菌, 大肠杆菌)。感染患者应进行粪便培养。

急性炎症性腹泻伴大量血液患者应立即进行大肠杆菌O157:H7的专门检测，同时在暴发流行期的非血样腹泻患者也需进行检测。该细菌无法在普通粪便培养基中生长，所以需用特殊培养基。除此之外可以用快速酶试验检测粪便中志贺毒素，阳性结果提示 大肠杆菌O157:H7或者肠出血性大肠杆菌其他亚型的感染。（注：美国的志贺氏菌种不产生志贺毒素）。然而，快速酶试验检测敏感度低于粪便培养。一些中心利用PCR检测志贺毒素。

有严重血性腹泻的成人 可能需要内窥镜检查（乙状结肠镜检查或结肠镜检查）以进行进一步评估。 内窥镜检查的候选人包括高危患者，例如有炎症性肠病或免疫功能低下病史的患者（在疑似巨细胞病毒结肠炎的情况下）。结肠黏膜外观有助于阿米巴痢疾、志贺细菌性痢疾、大肠杆菌O157:H7感染的诊断，但溃疡性结肠炎可有类似黏膜损害。活检和培养有助于诊断。

近期抗生素使用史 、有其他难辨梭状芽孢杆菌感染危险因素（如，炎症性肠病，服用质子泵抑制剂）的患者需行粪难辨梭状芽孢杆菌毒素检测；即使无相关危险因素，亦应对重症患者进行检测，因为目前约25% 的难辨梭状芽孢杆菌感染发生于无已知危险因素的人。既往利用毒素A及毒素B酶免疫分析对难辨梭状芽孢杆菌的感染进行诊断。但是，针对 难辨梭状芽孢杆菌的某个基因或基因调控因子进行的核酸扩增检测法敏感性更高，现已成为大多数情况下的诊断首选。