解：（1）细胞色素C与有氧呼吸有关，对于真核细胞来说，存在于线粒体中．

（2）由表中信息可以看出，亲缘关系越近的生物，组成细胞色素C的氨基酸的差别就越小，反之则越大．

（3）袋鼠、狗、马在细胞色素C的氨基酸组成上比较接近，可能由共同的祖先演化而来．它们在形态和生活习性上发生了适应性的改变，这种现象称为趋同进化或适应辐射．

（4）现代进化理论认为，种群是生物进化的基本单位，而突变、选择、隔离是生物进化和物种形成过程中的三个基本环节．

（5）现代进化理论丰富和发展了达尔文进化学说，现代进化理论与达尔文进化论主要差异体现在：①达尔文进化论没有阐明遗传和变异的本质以及自然选择的作用机理，而现代进化论克服了这个缺点．②达尔文的进化论着重研究生物个体的进化，而现代进化论则强调群体的进化，认为种群是生物进化的基本单位．③在达尔文学说中，自然选择来自过度繁殖和生存斗争；而在现代进化论中，则将自然选择归于基因型有差异的延续，没有生存斗争，自然选择也在进行．

答案：（1）线粒体

（2）亲缘关系越近的生物，组成细胞色素C的氨基酸的差别就越小，反之则越大．

（3）适应辐射（和进化趋同）

（4）种群   突变、选择、隔离

（5）①达尔文进化论没有阐明遗传和变异的本质以及自然选择的作用机理，而现代进化论克服了这个缺点．

②达尔文的进化论着重研究生物个体的进化，而现代进化论则强调群体的进化，认为种群是生物进化的基本单位．

③在达尔文学说中，自然选择来自过度繁殖和生存斗争；而在现代进化论中，则将自然选择归于基因型有差异的延续，没有生存斗争，自然选择也在进行（合理即给分）．