大家好,给大家介绍一下,这是RNA质检结果解读指南 |
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师姐你怎么这么神?说到实验我又遇到了新问题 ,RNA检测报告我看不明白,求教师姐~ 没问题,不过电影是不是还得再看一次啊 ~ 好啊,没问题~ 继上次小编帮助学弟解答RNA提取相关问题后,(感兴趣的小伙伴可戳RNA提取又不合格?那你一定需要了解这些~),又要为小师弟解答RNA检测相关的问题~你若是也存在同样的疑惑,请认真听小编的讲解~ 检测方法 1)1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质。 2)NanoPhotometer® 分光光度计检测样品纯度。 3)Qubit® 3.0 Flurometer检测RNA样品浓度。 4)安捷伦2100 RNA Nano 6000 Assay Kit检测RNA样品的完整性。 涉及指标 RNA样本总量及完整性是评判样品质量的关键点,其中RNA完整性评估依靠RIN值、28S/18S(或者23S/16S)以及Agilent 2100 检测峰图基线是否平整来综合评判。对于降解样本难以获取完整的转录本信息,影响数据质量及完整性。当RNA总量较低时,会导致建库成功率低,或数据dup率高等问题。下面小编就来详细介绍每个指标代表的意义。 RNA电泳胶图 RNA 电泳胶图主要需查看以下几方面: 1)看目的条带是否明亮清晰 2)看泳道内是否有降解弥散区 3)看胶孔处有无蛋白污染 4)看有无DNA污染 5)看有无外源物种核酸污染 目的条带明亮清晰,泳道无弥散区,无蛋白和DNA污染的样品质量较好。 动物样品胶图上可见目的条带为28S、18S、5S,植物样品为25S、18S、5S,昆虫或者软体动物18S、5S,原核样品23S、16S、5S。下面是两组不同质量的RNA电泳图示例。 RNA质量较好的示例 外源污染和降解示例 RIN值 RNA Integrity Number(RIN)数值大小即反应样品完整性情况,数值越接近10表明样品完整性越高,反之RIN值越小完整性越差。特殊样品需结合2100峰图一起评估。Agilent 2100 Bioanalyzer检测不仅可以得到样品RIN,还可以得到样品的浓度和28S/18S(原核生物为23S/16S)。 Agilent 2100 Bioanalyzer 28S/18S 28S和18S比值(28S/18S)是评估样品完整性的另一项指标,真核生物的比值大于等于1.5 表示RNA完整性较好,如比值逆转,则表明RNA降解。 原核生物23S/16S数值大于等于1.2 表明RNA完整性较好。 节肢动物的RNA在2100检测前热变性的过程会使28S拆成两个片段,所以节肢动物无28S/18S判定指标。 2100峰图 如下是两个RNA样品2100检测结果示例。 真核生物样品完整性较好2100检测峰图 真核生物样品完整性较差2100检测峰图 可知2100检测会提供2100峰图、样品浓度、28S/18S、RIN值、峰面积、模拟胶图等信息。峰图中需重点查看基线是否平整,有无降解杂峰,28S与18S峰形及比值。 OD260/OD280 OD260/OD230 OD260/OD230与OD260/OD280均用于判断RNA纯度,分别表示RNA样品中有无碳水化合物和蛋白质污染。 A230nm 是碳水化合物最高吸收峰的吸收波长,如酚,糖类等;A260nm是核酸最高吸收峰的吸收波长,如 RNA,DNA,引物等;A280nm 是蛋白质最高吸收峰的吸收波长。 纯RNA:1.7 <OD260/280<2.0(<1.7时表明有蛋白质或酚污染;>2.0时表明可能有异硫氰酸残存)。纯 RNA的OD260/230比值为2.5,若比值小于2.0标明样品被碳水化合物(糖类),盐类或有机溶剂污染。 NanoDrop 2000微量分光光度计 了解以上信息,看懂RNA检测报告就是小case了~ 各位小伙伴是不是也希望有我这么一个贴心且博学的学姐啊~那就请关注我们的微信号,多多后台留言吧~小编会密切关注、热情解答留言中的每一个问题,并且还不会要求请我看电影哦~ 安诺基因拥有专业的RNA提取检测团队,一流的质检平台,保证样品检测结果准确可靠。RNA样品质检合格后,欢迎随时与我们联系~ 安诺基因在RNA-seq方面具有丰富的项目经验,拥有高水平实验团队,先进的测序平台,经验丰富的分析团队,产品类型包括circRNA测序,全转录组测序,lncRNA测序,普通转录组测序等,个性化分析+高级分析任您选,全方位助力您的科研之路。 文案:RNA产品经理 范如婷返回搜狐,查看更多 |
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