学校坚持“四个面向”，开展有组织科研创新。拥有中医类国家级重点实验室——“中医证候全国重点实验室”和“省部共建中医湿证国家重点实验室”及“国家医学攻关产教融合创新平台”等国家级科研平台10个；拥有“中医药广东省实验室”“岭南中药资源教育部重点实验室”“中医药防治肿瘤转化医学研究国际联合实验室”“广东省方证研究重点实验室”“广东省中医药科学数据中心”“粤港澳中医药与免疫疾病研究联合实验室”“广东省中医急症研究重点实验室”“广东省中医针灸重点实验室”“广东省中医药防治肿瘤转化药学研究重点实验室”等省部级科研平台53个。近五年（2019-2023年）新增纵向科研项目2602项，获得纵向经费11.94亿元，承担国家级项目582项，主持获得国家科技进步二等奖及省部级科技奖励21项。

学校坚持社会服务，加强高端医疗资源建设。现有直属附属医院4所，与政府共建医院8所，有非直属附属医院30家。第一、二附属医院入选国家中医药传承创新中心、国家区域医疗中心建设输出医院、国家中医临床研究基地、广东省高水平医院重点建设单位，成为广东省公立医院改革与高质量发展示范医院。其中，第一附属医院还是国家重大疫情救治基地、是“全国区域中医（专科）诊疗中心最多的医院之一”；第二附属医院连续10年位居“中国中医医院·竞争力100强”榜首，连续5年位列全国中医医院科技量值第一。第三附属医院是广东省三级甲等骨伤专科医院，以中医骨伤科为医院的龙头专科。广东中医药博物馆是全国高校首批国家二级博物馆，与第一附属医院、第二附属医院被国家中医药管理局确定为首批全国中医药文化宣传教育基地。

学校坚持产学研协同，与省内外15个地市建立产学研合作关系。学校研发的胃乃安、骨仙片、消渴丸、金佛止痛丸、滋肾育胎丸和胃止痛胶囊等系列中成药成为广东医药行业的代表产品，畅销全国。学校指导建设了“广东省南药种业创新园”，主动对接粤港澳大湾区中药产业，开展50种道地与大宗南药的GAP关键技术研发与产业推广应用，指导中药企业建设南药规范化种植基地200多万亩。