同样是来自牙齿的证据显示，八百万年前，大熊猫的祖先——始熊猫，其实是彻头彻尾的无肉不欢型。

黄万波等人的文章《熊猫类牙齿的釉质结构分折》中，论述了始熊猫食肉的牙齿证据。牙齿结构的外面一层为釉质（又称珐琅质），里面一层为白垩层（又称牙本质）。釉质层由若干条釉柱组成，性质坚硬、耐磨。通过观察釉质层的形态，可以推测出动物的食性。

始熊猫的釉柱粗、数量少，釉柱绞绕程度弱、柱间质厚。这样的结构较脆弱，无法研磨坚硬的食物，这表明始熊猫吃的东西较杂，且质地相对较软。而现生熊猫牙齿的釉柱细、数量多，釉柱绞绕程度强、柱间质薄，能适应于咀嚼质地坚硬的食物。可见在800万年前，大熊猫刚刚从熊类的家族树上分家时，竹子还未登上它们的主菜单。

尽管经过数百万年的演化，熊猫的内在，还保留着一些肉食的痕迹。

大熊猫的消化道结构与肉食动物相似，具有一个简单的袋状胃和相对较短的肠道。肉食动物的肠道短，通常是它们身长的4到8倍。相比之下，植食动物的肠道要长得多。这是因为植食动物为了消化吸收植物食材中较坚硬的纤维成分，如纤维素与半纤维素等，需要食物残渣在肠道内停留较长时间，以便肠道菌群有足够的时间分解这些硬质纤维。例如，羊的肠道就是它身体长度的25倍。而大熊猫肠道长度平均是体长的5.85倍，更接近肉食动物的肠道长度。

另外，2010年公布的大熊猫基因组已证实，大熊猫并没有编码类似纤维素与半纤维素消化酶的基因，也就是说它们缺乏消化富含纤维的植物食材的基本能力。而类似消化酶在植食动物中普遍存在。中科院和悉尼大学的熊猫营养供能研究，也测定了大熊猫粪便中的蛋白质含量，发现它们的肠道对蛋白质的生物利用率相当高——人家本来就是为了吃肉而生，何必拥有纤维消化酶呢？

哪怕在几百万年的演化过程中，大熊猫重新设计了自己的颅骨、牙齿、手部的解剖结构，但是较短的食肉动物肠道以及缺乏分解纤维的消化酶仍然没有改变。因为它们不太在意竹子中的纤维成分，吸引它们的是竹子中的蛋白质。而对付蛋白质，目前的肠道结构已绰绰有余。

当然，竹食还是改变了一些大熊猫的消化道特征。尽管消化道很短，但大熊猫的食道相比其他哺乳动物更加坚硬。这为它吞咽竹子时提供了保护，使其免受竹茎上坚硬的木质碎片的伤害。大熊猫的胃壁非常厚，并且胃壁肌肉极度发达，这就是为了挤压和搅动粗糙的竹子碎片而演化出的适应。消化道还有许多粘液细胞，能够分泌大量粘液，防止切割或撕裂肠壁，就好像汽车零件上使用的润滑油。新鲜的熊猫粪便上，往往覆盖着一层粘液。

另外，虽然大熊猫没有分解纤维的消化酶，但是分析它们新鲜粪便中的肠道菌群的基因序列发现，野生大熊猫肠道里有高比例的梭菌属。梭菌属是已知在植食动物体内发挥消化纤维素功能的细菌类别。这些结果揭示, 大熊猫可能通过肠道微生物群的演化，实现对竹子纤维素的轻微消化。当然，最后大熊猫的供能，还是以竹子中的蛋白质为主。