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1. 使用水代替凝胶缓冲液或电泳缓冲液

琼脂糖凝胶配制和电泳通常使用TAE或TBE缓冲液进行。 如果您使用水进行凝胶配制和跑电泳，您的凝胶将在电泳时很快融化。 TAE、TBE和水都是透明的溶液；因此，在配制时请检查容器的标签。

2. 使用了错误浓度的琼脂糖

DNA凝胶电泳所需的标准琼脂糖浓度为1.0%。浓度越高，小条带的分辨率越高；反之，琼脂糖浓度越低，大分子量条带的分辨率和分离程度越高。 如果使用了错误浓度的琼脂糖凝胶，就很难确定DNA条带的可靠性。 当使用低百分比浓度琼脂糖凝胶时要小心；它们往往较软，更容易破损。

3. 颠倒了电泳槽与电源连接线的方向

这是很容易犯的错误，但是如果你不小心颠倒了电泳槽与电源连接线的方向，结果将会非常令人沮丧。 因为样本会向相反方向移动，而且由于上样孔与凝胶的末端很近，您会丢失所有的样本。 开始您的电泳后确保DNA样本以正确的方向进入凝胶；如果您看到您的条带向错误的方向移动，请颠倒电源线的方向。

1. 什么是适合于您的琼脂糖凝胶电泳的正确缓冲液？

进行DNA琼脂糖凝胶电泳所需的缓冲液类型，主要取决于DNA片段大小和电泳后的应用。 进行琼脂糖凝胶电泳最常见的两种缓冲液是Tris-乙酸EDTA缓冲液（TAE）和Tris-硼酸EDTA缓冲液（TBE）。 因为两种缓冲液的pH值都接近中性，所以缓冲液中的DNA都带净负电荷并向凝胶装置正极(+)方向移动。

对于小片段DNA (