前面我们已经介绍了细菌基因型的命名规则,但实际上我们经常接触到一些菌株的基因型其中都会包含一些特定的符号,比如常见的“Δ/+/-”等等。下面列表针对常见的基因符号以及对应的含义进行简单的介绍,希望可以帮助大家简单的理解菌株的基因型。在本文的最后为大家附上Stanley Maloy写的“基因命名法(GENETIC NOMENCLATURE)”。
常见基因符号及其含义列表
符号
位置
含义
备注
()或[]
正常
限定适用范围
()或[]中的基因是缺失或变异所在
Δ
正常
缺失
“Δ”表示缺失突变,其后的括弧中表示所缺失基因,如Δ(lac-proAB)表示lac-proAB基因的缺失
:
正常
融合
表示“:”符号后面的基因紧接着插入到前面基因后面
-
正常
融合
表示“-”符号后面的基因紧接着插入到前面基因后面,如proC-Tn10
::
正常
插入
表示“::”符号后面的基因插入到前面的基因中,如pyrC103::Tn10表示Tn10插入到pyrC103基因中
Φ
正常
融合
如Φ(ara-lac)表示ara 和lac 融合成新基因
+
上标
显型或抗性
如果是表示对某种抗生素的抗性也可用"r"表示
-
上标
隐型、敏感或无抗性
如果表示对某种抗生素的敏感性也可用"s"表示
r
上标
抗性
表示对某种抗生素抵抗,如Ampr表示氨苄抵抗
s
上标
敏感(sensitive)
表示对某种抗生素敏感,如Tets表示四环素敏感
ts
正常
温度敏感(temperature-sensitive)
发生温度敏感型突变
cs
正常
冷敏(cold-sensitive)
发生冷敏突变
am
正常
琥珀突变(Amber mutation)
发生琥珀型无义突变,如leuA414(Am)
op
正常
乳白型突变(Opal mutation)
发生乳白型型无义突变
oc
正常
赭石突变(Ochre mutation)
发生赭石型无义突变
0
上标
无义突变
发生无义突变,可以是上述三种的任意一个,如Sup0
/
正常
连接基因型与质粒或附加体
符号前面为基因型,后面为质粒或附加体信息
DEL
正常
删除
DEL(基因)等位基因序号
INV
正常
倒位
INV(基因1-连接点-基因2)等位基因序号
DUP
正常
重复
DUP(基因1*连接点*基因2)等位基因序号
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