1. 凝胶溴化乙锭染色法

观察琼脂糖凝胶中 DNA 的最简便、最常用的方法是利用荧光染料溴化乙锭进行染色（Sharp et al. 1973)。溴化乙锭含有一个可以嵌入 DNA 堆积碱基之间的一个三环平面基团。它与 DNA 的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每 2.5 个碱基插入一个溴化乙锭分子（Waring 1965)。当染料分子插入后，其平面基团与螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作用。这个基团的固定位置及其与碱基的密切接近，导致与 DNA 结合的染料呈现荧光，其荧光产率比游离溶液中染料的有所增加。DNA 吸收 254 nm 处的紫外辐射并传递给染料，而被结合的染料本身吸收 302 nm 和 366 nm 的光辐射。这两种情况下，被吸收的能量在可见光谱红橙区的 590 nm 处重新发射出来（LePecq and Faoletti 1967)。由于溴化乙锭-DNA 复合物的荧光产率比 没有结合 DNA 的染料高出 20~30 倍，所以当凝胶中含有游离的溴化乙锭（0.5 μg/ml) 时，可以检测到少至 10 ng 的 DNA 条带。

溴化乙锭可以用来检测单链或双链核酸（DNA 或 RNA〉。但是染料对单链核酸的亲和力相对较小，所以其荧光产率也相对较低。事实上，大多数对单链 DNA 或 RNA 染色的荧光是通过染料结合到分子内形成较短的链内双螺旋产生的。

通常用水将溴化乙锭配制成 10 mg/ml 的贮存液，于室温保存在棕色瓶中或用铝箔包裹的瓶中。这种染料通常掺入琼脂糖凝胶和缓冲液的浓度为 0.5 μg/ml。注意：聚丙烯酰胺凝胶灌制时不能掺入溴化乙锭，这是由于溴化乙锭能够抑制丙烯酰胺聚合。丙烯酰胺电泳通常在电泳结束后用溴化乙锭染色。

尽管在该染料存在的情况下，线状 DNA 的电泳迁移率约降低 15%, 但是最大的优点是在电泳过程中或在电泳结束后能直接在紫外灯下检测。当凝胶中没有 EB 时，凝胶中的 DNA 条带更为清晰。因此，当需要知道 DNA 片段的准确大小（如 DNA 限制酶酶切图谱的鉴定），凝胶应该在无 EB 情况下电泳，电泳结束后用 EB 染色。染色时，将凝胶浸入含有 EB（0.5 μg/ml ) 的电泳缓冲液中，室温下染色 30~45 min。染色完毕后，通常不需要脱色。但是在检测小量 DNA (2500 mW/cm2)，一块 Wratten 22A ( 红或橘红）滤光片以及性能良好的镜头（f=135 mm)，曝光数秒后就可以获得少至 10 ng DNA 的条带图片。若延长曝光时间并且采用强紫外光源，可以在胶片上记录到仅 1 ng DNA 所激发的荧光。用常规的湿法处理胶片（如 Kodak No.4155) 同时采用更小焦距（f=75 mm) 的镜头，可以检测出痕量 DNA 条带。此时，镜头距离凝胶更近，成像集中在胶片的更小的区域。同时，这也可以更为灵活显影和晒印图片。

通过采用 SYBR Gold ( Molecular Probe) 对 DNA 染色，可以使成像的灵敏度提高 10~20 倍。当然在通过这种方法提高灵敏度同时，其花费也陡增。10L SYBR Gold 工作液价值超过 100 美元，而同样量的 EB 的价格约 5 美分。同时检测 SYBR Gold 染色的 凝胶需要釆用带黄色或绿色明胶或塞路玢滤片（S-7569, Molecular 或 Kodak) 的相机在波长 300 nm 的紫外透射光下进行。