福建省防空工作始于抗日战争时期。民国29年（1940），福建省政府在战时临时省会永安县成立防空司令部；民国31年（1942），成立防空建设委员会。中华人民共和国成立后，人民防空实行政府和军事部门双重领导体制。　　1951年，福建省和福州、厦门、泉州、漳州等市先后成立人民防空委员会（简称人防委），下设防空处（科），为各级人防委的办事机构，负责领导防空业务工作。　　1954年，根据第一次全国人民防空会议决议，全省各级人防委的办事机构列入当地公安系统建制，对外称人民防空指挥部。“文化大革命”前期，福建省各级人防委及所属办事机构陷于瘫痪，人防战备工作由福建省军区负责。　　根据中共中央、中央军委的有关指示，从1969年9月起，福建省和各地、市先后成立人民防空领导小组，下设办事机构称人民防空办公室（简称人防办），委托省军区和各地、市军分区、人武部代管。　　1971年，第二次全国人民防空会议确定福州、厦门、漳州、泉州、三明、南平等市为国家人防重点城市。　　1975年，福建省将各级人防办事机构列编定位，列入各级革命委员会的一级机构。　　1982年，根据中发〔1981〕33号文件，全省各级人民防空领导小组重新更名为人民防空委员会。　　1983年，福建省机构改革，省人防办降为省政府二级机构，归省政府办公厅领导，各地人防办也作了部分调整。　　1995年，根据中共中央、中央军委的指示和闽委〔1995〕54号文件，福建省政府、福建省军区成立省国防动员委员会（简称国动委），省人防委自行撤销，全省各地按此执行。　　2000年，国务院、中央军委将福建省9个设区的市全部定为国家人防重点城市，提高了防空类别。同年，在省级党政机构改革中，省人防办被定为省国动委的常设办事机构，同时又是省政府人防工作的主管部门，恢复为正厅级单位。　　根据闽委发〔2001〕17号文件规定，到2007年，全省市、县、区均设立了人防办，为本级政府一级机构。根据中组部组通字〔2002〕17号和闽委组〔2002〕6号文件，人防部门领导干部实行以当地党委管理为主、同级军事机关和上级人防部门协助管理的制度。　　根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发＜福建省人民政府机构改革方案＞的通知》（厅字〔2009) 23号）和中共福建省委、福建省人民政府《关于福建省人民政府机构改革的实施意见》（闽委〔2009〕27号），设立福建省人民防空办公室（加挂“福建省民防局”牌子），为省人民政府直属机构，正厅级。　　根据党中央决策部署，2022年12月15日，福建省国防动员办公室正式挂牌成立，为省人民政府直属机构，正厅级。