【R语言】热图绘制 |
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【R语言】热图绘制
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前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+gplots的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+grDevice的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案 ☞R语言中的颜色(三)-grDevice包 今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图，这次我们使用RColorBrewer这个R包里面的配色方案 ☞R语言中的颜色(四)-RColorBrewer包 首先我们还是先读取需要的数据，这里用到的数据跟【R语言】热图绘制-heatmap函数用到的数据是一样的 代码语言：javascript复制#读取所有miRNA的表达矩阵 expr=read.table("miRNA_expr.txt",header=T,row.names=1,sep="\t") #读取差异表达分析结果 #差异表达分析可以参考https://ke.qq.com/course/package/37513 deg=read.table("MIR_DEG_fc_2.5_pval_0.01.txt",header=T,row.names = 1,sep="\t") #设置样本类型 type=factor(rep(c("CR","CC"),each=3)) #提取差异表达miRNA的名字 miRNA=rownames(deg) #提取差异表达miRNA对应的表达矩阵 data=as.matrix(expr[miRNA,])接下来我们使用RColorBrewer包里面的函数来生成配色方案 代码语言：javascript复制#如果没有安装RColorBrewer这个包，需要先去掉下一行中的#，再运行进行安装 #install.packages("RColorBrewer") #加载RColorBrewer这个R包 library(RColorBrewer) #展示PiYG配色方案中的11种颜色 display.brewer.pal(11,"PiYG") 接下来我们看看如何使用colorRampPalette函数生成渐变色 代码语言：javascript复制#生成三张图片，按三行一列排布 par(mfrow=c(3,1)) #PiYG中一共有11中颜色，画11根柱子来展示 barplot(1:11,col=brewer.pal(11, "PiYG")) #通过colorRampPalette生成渐变色，PiYG中本身就有11中个颜色 #后面括号中的数字是要生成渐变色的个数，也为11，所以效果跟上图一样 barplot(1:11,col=colorRampPalette(brewer.pal(11, "PiYG"))(11)) #通过colorRampPalette生成25个渐变色 barplot(1:25,col=colorRampPalette(brewer.pal(11, "PiYG"))(25)) 接下来我们用这25个渐变色来绘制热图 代码语言：javascript复制coul |
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