不就画个火山图吗?有那么难吗?

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不就画个火山图吗?有那么难吗?

2024-04-13 18:49| 来源: 网络整理| 查看: 265

写在前面

Emmm....课题组昨天开小组会了。 基于博导的建议与提醒,我又开始跳下来看生物学问题。 在当前课题的实验设计里面,我们总共有70个样品,于是我写了一个循环 做了每个样品之间两两差异表达分析,并试图, 从生物学角度来观察这套数据。 于是!问题出现了。 对比两个火山图,我突然觉得似乎有什么可以分析的。 但是当我想知道具体某个点是什么基因! 我居然被阻止了!这个图,没有交互功能。 辣鸡! 我需要有一个工具,可以自由的绘制有趣的火山图! 既然如此,索性就写一个。

操作姿势

首先,准备好输入文件,应该是三列,第一列是基因ID,第二列是Log2FoldChange,第三列是pvalue,如下。顺手另存为文本,制表符分隔!

打开TBtools

将文本文件拖-放到其中

点Start,可得

如果只是画个图,那么就没有必要的。 交互才是JIGplot的优势,于是我顺手终于写了很久以前一直不想写得Hover功能。 如下

图片可交互

鼠标移动到感兴趣的点,即可查看对应的基因信息(事实上,也能查看对应的基因注释信息,只要你增加一列)

而事实上,TBtools的绘图引擎是有较大的交互灵活性的(详细特性见前面推文,我一路开发并放弃并开发的绘图引擎,JJplot -> JJplot2 -> JIGplot) ** 可以自由缩放**

可以批量改变你想要的颜色

当然,还有很多功能....

写在最后

已经有很长一段时间,并没有去开放心的功能的。 虽然我也在写,但是似乎并没有时间。 过去的两三个月,可能真的是

Pain More, Gain More!


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