同治新疆回乱（1864年－1877年），又称同治新疆民变[1]、同治新疆维回起义[2]，是清朝同治年间新疆各地发生的叛乱，与浩罕及俄罗斯的入侵交织在一起。1862年新疆北部原有46.8万人口，因为屠杀、饥荒、尸体传染瘟疫、逃荒等因素，至1880年时减少了72.6% （34万）人口。[3]

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清同治三年（1864年）四月，库车回民举事，杀死库车办事大臣及阿奇木伯克。因为陕甘回乱影响，数月之内，新疆各地相继发生暴动和叛乱。暴动者以回族（汉回）及维吾尔族（缠回）阿訇、农民为主，也有汉族、柯尔克孜族及哈萨克族加入。各地起事者在攻占官署及兵营后，推举阿訇为首领，建立政教合一的地方性割据政权。随后，各政权之间又发生混战与兼并。至同治四年（1865年）末，新疆大部份地方失陷，官军仅保有塔尔巴哈台、库尔喀喇乌苏、巴里坤及哈密一带。此时，西北官军主力正在平定陕甘回乱，无暇顾及新疆。俄罗斯乘乱入侵塔尔巴哈台及额尔齐斯河流域，于1864年10月逼迫乌里雅苏台将军签订《中俄勘分西北界约记》，吞并了中国巴尔喀什湖以东的大片领土。

1864年年底，喀什噶尔的叛乱者向浩罕汗国求援，导致阿古柏入侵。1865年至1867年间，浩罕权臣阿古柏率领浩罕军队消灭了天山以南各地的割据政权，在新疆南部建立了哲德沙尔汗国。同治十年（1871年），俄罗斯藉口“代收”，派兵侵占伊犁。光绪元年（1875年），清廷命陕甘总督左宗棠督办新疆军务。次年，清军西征，收复迪化一带。光绪三年（1877年），清军消灭阿古柏政权，收复了除伊犁外的新疆全境，持续10余年的新疆叛乱最终结束。光绪七年（1881年），清朝通过交涉收回被俄罗斯侵占的伊犁。光绪十年（1884年），清廷下旨设立新疆省，废除了乾隆以来的伯克制和军府制，实行与内地相同的郡县制。

此次动乱大致分为以下几个阶段：