R语言用非凸惩罚函数回归(SCAD、MCP)分析前列腺数据

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R语言用非凸惩罚函数回归(SCAD、MCP)分析前列腺数据

2023-07-02 08:25| 来源: 网络整理| 查看: 265

# 0.00000000 0.00000000 0.00168038

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该 summary 方法可用于后_选择推断_:

summary(fit

# MCP-penalized linear regression with n=97, p=8

# At lambda=0.0500:

# -------------------------------------------------

# Nonzero coefficients : 6

# Expected nonzero coefficients: 2.54

# Average mfdr (6 features) : 0.424

#

# Estimate z mfdr Selected

# lcavol 0.53179 8.880 < 1e-04 *

# svi 0.67256 3.945 0.010189 *

# lweight 0.60390 3.666 0.027894 *

# lbph 0.08875 1.928 0.773014 *

# age -0.01531 -1.788 0.815269 *

# pgg45 0.00168 1.160 0.917570 *

在这种情况下, 即使调整了模型中的其他变量之后,lcavol, svi以及 lweight 显然与因变量关联,同时 lbph, age和 pgg45 可能只是_偶然_包括。通常,为了评估模型在λ的各种值下的预测准确性,将执行交叉验证:

plot(cvfit)

使交叉验证误差最小的λ的值由 cvfit$lambda.min给出,在这种情况下为0.017。将coef 在return的输出 应用于 cv.ncvreg λ的值的系数:

coef

# (Intercept) lcavol lweight age lbph svi

# 0.494154801 0.569546027 0.614419811 -0.020913467 0.097352536 0.752397339

# lcp gleason pgg45

# -0.104959403 0.000000000 0.005324465

可以通过predict来获得预测值 ,该选项有多种选择:

predict(cvfit

# 预测新观测结果的响应

# 1 2 3 4 5 6

# 0.8304040 0.7650906 0.4262072 0.6230117 1.7449492 0.8449595

# 非零系数的数量

# 0.01695

# 7

# 非零系数的特性

# lcavol lweight age lbph svi lcp pgg45

# 1 2 3 4 5 6 8

请注意,原始拟合(至完整数据集)的结果为 cvfit$fit;不必同时调用两者 ncvreg 和 cv.ncvreg 分析数据集。

如, plot(cvfit$fit) 将产生与上述相同的系数路径图 plot(fit) 。

本文摘选 《 R语言中使用非凸惩罚函数回归(SCAD、MCP)分析前列腺数据 》 ,点击“阅读原文”获取全文完整代码、数据资料。

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