压力高于预期的大多数问题都与系统中某处碎片的积聚有关。这些碎片的源头各不相同，它可以来自样品中的颗粒物，也可以是原来溶于样品溶剂的一些物质分子在流动相中沉淀析出，还有一种来源是从泵和进样器密封件上脱落下来的聚合物材料。由此引起问题的性质在很大程度上取决于系统的配置方式。要确定碎片积聚造成的流路阻塞发生在系统中的具体位置可能很棘手，有种系统性的探查方法，是从最下游端开始，从流路中每次只移除一个组件，以排查问题发生在何处。例如，假设我们以 1 mL/min 的速度运行，并且我们观察到泵的压力为600 bar，与250 bar的正常工作压力相比，该压力很高。关闭流量后，从流路中取出检测器，重新打开泵并记录压力。如果它只减少了5 bar，泵压力为595 bar，那我们可知道检测器的流路并没有发生阻塞。同样，在流量关闭的情况下，取下检测器和色谱柱出口之间的管线，重新打开流量并记录压力，如果它又降低了10 bar到泵压力为585 bar，那我们知道柱出口和检测器之间的管线也不是问题的根源。

接下来，取下色谱柱，重新打开流量，并记录压力。在连接柱子和未连接柱子的情况下压力应有显著差异。假设在没有连接色谱柱时压力仍有365 bar，这在任何典型的分析LC系统中都属异常的。接下来，假设在移除紧邻色谱柱流路上游安装的在线过滤器后，压力降至20 bar，这将告诉我们过滤器本身的压降为345 bar（远高于预期），表明过滤器应该被扔掉并更换。当试图让仪器恢复正常时，这种“一次一件”的方法可能会令人感到乏味，但它是探查故障所在的最可靠方法。最常遇到的三种情况是：