1999年5月，附属医院正式成为卫生部国际紧急救援中心网络医院。

2000年7月，校本部顺利搬迁至城西新址。

2002年10月，卫生部批准附院为海南省内唯一获准开展人类辅助生殖技术的医疗机构,附院成为全国首批8家获准开展人类辅助生殖技术的单位之一。

2003年，被教育部确定为联合培养硕士学位研究生单位。

2004年起，相继与北京大学等多所高校联合招收硕士研究生。

2004年9月，中共海南医学院第二届第一次代表大会召开，提出了“三步走”发展战略目标，确定了走独具特色发展之路，开始构建更具活力的体制机制，明确指出学校办学要有鲜明的热带医学和养生保健特色。

2005年11月，教育部评估专家组来我校实地考察、评估，2006年5月8日，教育部公布对我校本科教学工作水平评估的结论为“良好”。

2005年12月，以优良成绩通过省教育厅高校“安全文明生态学校”评估组的考察评估。

2006年，开办留学生教育。

2007年，全面启动申办医药大学行动计划。

2008年，举行办学60周年纪念活动,把2008年定为“校庆年”。2010年1月,我校数字化多功能综合图书馆落成。