五十年後的未來，世界遭到突如其來的怪物“荒神”的破壞而失去平衡。人類文明的武器無法與荒神抗衡，生化科技企業“芬里爾”利用荒神細胞開發出了名為“神機手”的生物兵器，並同時組織了特殊部隊“GOD EATER”。俄羅斯即將展開歐亞地區的荒神掃蕩作戰，芬里爾派出三位神機手前來支援。

　　為了打倒荒神而成為噬神者的少年空木蓮華，成為了新型適合者，蓮華在測試訓練中的優秀表現令雨宮三佐側目，但蓮華總是為了救他人而將自己置於危險之中，這點令雨宮很擔憂。裝甲壁被打破，居住區遭到多數荒神入侵，蓮華不顧雨宮的阻止執意參與出擊，他想要救助受傷的噬神者，結果反被荒神包圍，危急時刻，第一部隊前來救援。

　　面對荒神和伐折羅的雙重襲擊，雨宮同意蓮華加入作戰。蓮華和佐久夜將艾瑞克送到安全地帶，隨後兩人突襲伐折羅。然而計劃失敗，蓮華被伐折羅所釋放的電流擊昏。等他醒來時，發現自己身處監獄，並以違反命令為由遭到囚禁。監獄外，委員會商議收回蓮華的神機，而另一位新型適合者正從俄羅斯趕來。

　　這次蓮華等人的任務是救援擁有新型神機的亞莉莎，但被荒神圍困在運輸機上的亞莉莎卻拒絕接受救援，蓮華等人只能在直升飛機上進行支援。進化的荒神引來了同伴，龍膽和蓮華來到了運輸機上，而運輸機裏的大量受傷人員是亞莉莎不肯離開的原因，看到這些他決定拯救所有的人。

　　被荒廢了的近未來，突然出現開始蠶食世界的巨大生物“荒神”。為了消滅所有荒神而來到芬里爾極東分部的少年空木蓮華，以及圍繞在他身邊的荒神討伐部隊的噬神者們，展開拯救世界的行動。和蓮華一樣的新型噬神者亞莉莎出現，面對殘酷的命運，他們該如何應對？噬神者特別篇為你揭秘。