沙眼的初始感染表现为急性结膜炎，多发生于儿童及青少年，急性期经1～2月后进入慢性期。

眼红、眼疼、异物感、流泪及脓性分泌物，伴耳前淋巴结肿大、压痛。结膜充血，睑结膜可见乳头、滤泡，

发病数周后，进入慢性期后，症状有所减轻，睑结膜乳头增生，滤泡形成，出现角膜血管翳，可有不同程度的视力下降；Ⅲ期患者睑结膜瘢痕形成，乳头、滤泡等活动性病变消失。

沙眼未及时治疗或反复感染者，常伴发以下并发症：

沙眼的常见合并症，结膜瘢痕收缩和睑板弯曲畸形，使睑缘向内翻转，牵拉睫毛倒向角膜侧生长，形成倒睫。睑内翻及倒睫触及摩擦角膜，可加重角膜混浊。

上睑结膜及睑板组织增生肥厚，使上睑重量增加；同时眼部肌肉的提睑功能减弱，因而发生上睑下垂。

穹窿部结膜瘢痕收缩，结膜囊变窄，以下穹窿最为明显。

结膜广泛结瘢，使杯细胞和副泪腺分泌功能遭到破坏，泪腺开口瘢痕闭塞，导致结膜逐渐干燥，出现干涩不适等症状。

沙眼病变累及泪道黏膜，鼻泪管发生狭窄或阻塞，导致慢性泪囊炎，表现为流泪、流脓或挤压鼻根部大量脓液溢出。

沙眼衣原体可致角膜上皮炎症，在角膜血管翳的末端可以发生角膜浸润、角膜溃疡，加之内翻倒睫加重损害，最终可导致角膜混浊，视力严重受损。