国家甘薯产业技术体系由国家甘薯产业技术研发中心和综合试验站两个层级组成，包括１个首席科学家岗位，25个科学家岗位和26个综合试验站。国家甘薯产业技术研发中心建设依托单位为江苏徐淮地区徐州农业科学研究所，由6个功能研究室组成，其中：遗传改良研究室设有特用型甘薯品种改良、种质资源鉴定与新种质创制、育种技术与方法、细胞遗传与倍性育种技术、鲜食型甘薯品种改良、加工型甘薯品种改良、种薯繁育与质量控制、菜用甘薯种质资源鉴定与新种质创制 8个科学家岗位，病虫害防控功能研究室设有病毒病防控、细菌病防控、线虫及真菌病防控和虫害防控４个科学家岗位，栽培与土肥功能研究室设有栽培生理、生态与土壤管理、水分生理与节水栽培、养分管理、种植制度和土壤、产地环境污染管控与修复６个科学家岗位，加工研究室设有储藏与保鲜、甘薯食品加工、副产物综合利用、质量安全与营养品质评价４个科学家岗位， 机械化研究室设有种植机械化、收获机械化2个科学家岗位，产业经济研究室设有产业经济1个科学家岗位。同时，依据产业生态布局等特点，在甘薯主产区设立２6个综合试验站，每个综合试验站设１个站长。

甘薯产业技术研发中心在农业部的直接领导下，对功能研究室和综合试验站进行管理和业务指导，通过产业调查分析，采用自下而上、自上而下的方式，反复酝酿形成跨学科、跨区域的重大产业技术研发任务。研发中心把体系内人员组织起来，岗位科学家主要从事关键技术研发工作，面向全国解决产业技术共性问题；综合试验站主要针对本地区实际，开展技术服务，组织先进、实用技术的集成、组装、展示与示范，并积极配合岗位科学家做好信息反馈和技术研发工作。