1.2 SIFT 和 Provean (Protein Variation Effect Analyzer)

网站: http://provean.jcvi.org/protein_batch_submit.php?species=human

按照要求填入蛋白和点突变信息：Q9NZQ7 55 V VF

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可以同时得到PROVEAN和SIFT分数和定性, 一般PROVEAN分数小于-2.5就可以认为是有害的（deleterious）突变：

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第二类，预测点突变引起的蛋白稳定性改变（计算ΔΔG）

这一类原理都大同小异，但是预测数据可能不一致，可以每个工具都试一下然后挑选对文章最有利的数据。需要先找到或者预测蛋白的结构，提交突变的信息，就可以得到数据了。本演示用的结构文件为PDB：5JDS

2.1 PoPMuSiC (需要邮箱注册)

网站：https://soft.dezyme.com/query/create/pop

填入PDB编号和突变的位置信息，即可得到预测结果，可以看到 V55F 突变以后ΔΔG上升（0.82 Kcal/mol），蛋白稳定性下降。

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2.2 DUET

网站：http://biosig.unimelb.edu.au/duet/stability

同理，上传5JDS结构，DUET预测结果，可以看到稳定性有明显的下滑：

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2.3 MaestroWeb

网站：https://pbwww.che.sbg.ac.at/maestro/web

用类似的方法，可以计算出下面的数值，可以看到稳定性有明显的下滑，与之前的预测一致：

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2.4 SAAFEC

网站：http://compbio.clemson.edu/SAAFEC/userInputParams.html

表格和上传PDB都没有什么难度，可以很快得到一个非常详细的表格，并且可以下载预测的突变蛋白结构，如下图。值得注意的是ΔΔG是WT减去MT，所以正数表示突变以后稳定性上升，负数表示稳定性下降。这个突变的结果是-2.26 Kcal/mol, 说明突变以后稳定性下降明显，与之前3个分析结果一致。

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第三类，获取突变蛋白的结构文件及综合分析

3.1 Missense3D

网站：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~missense3d/

还是同样的填PDB编号或者上传5JDS.pdb结构文件，3分钟以后就得到了突变蛋白结构，可以直接下载，还有很多十几种基础的分析，包括二硫键，氢键，蛋白包埋，是否有二级结构变化等等。

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3.2 VarSite

网站：https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/VarSite/GetPage.pl?home=TRUE

输入Uniprot编号和突变位置，可以拿到很多漂亮的图。比如下面字母越大说明这个氨基酸越保守，突变概率越小，55V看起来就比较保守：

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还有很多有意义的分析和解析，比如分析突变以后跟其他蛋白相互作用的影响：

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第四类，蛋白柔性分析（Protein flexibility）

很多时候，突变会导致蛋白某一段结构变得不稳定，蛋白摆动变大，体现在B-factor（温度因子）的上升。同样可以用简单的在线工具来分析。

4.1 PredyFlexy

网站：https://www.dsimb.inserm.fr/dsimb_tools/predyflexy/

分别对于野生型和突变蛋白做柔性分析, 可以对比突变以后柔性的变化，可以看到突变以后，突变的区域蛋白柔性有一定的提升。

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第五类，蛋白残基相互作用网络，研究突变前后相互作用的变化

5.1 The Residue Interaction Network Generator (RING)

网站：http://protein.bio.unipd.it/ring/

可以得到非常漂亮的蛋白残基网络图，可以方便的看到所有的氨基酸之间的氢键，二硫键之类的信息，特别炫酷，但是信息太多，而且不能旋转放大，没有直接在软件上观察来的容易。

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来源纽普生物

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