【吉锐生物】SnapGene 的使用方法 |
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【吉锐生物】SnapGene 的使用方法
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Snapgene 是做分子克隆常用的一个工具软件，学好它可以让我们的实验过程变得更加快捷方便。这里会我们围绕以下 7 个功能为大家做一下讲解： 批量添加不同的酶切位点 对片段进行命名 给质粒图谱增加引物序列 模拟标准限制性克隆 模拟融合克隆 模拟电泳功能 序列比对功能 首先介绍 Snapgene 的主要界面：
最下方的视图栏： （点击下方的图标按钮可以进行相互切换） 最上方的菜单栏：
对应的功能如下： Map：显示图谱 Sequence：显示序列信息 File：打开、建立、保存相关文件等 Edit：编辑功能，包括复制选中一些序列等 View：切换几个视图等 Enzymes：显示、选择酶切位点等 Feature：显示、增加（命名）一些片段等 Primers：添加引物等 Action：插入融合一些片段 Tool：模拟电泳、序列比对、查看 DNA 分子量、查询简并密码子、氨基酸等 首先我们介绍这个软件的四个视图：视图一：Map直接打开任一质粒图谱（以 pUC57 为例），点击 Map 按钮，得到如下界面：
视图二：Sequence点击 Sequence 按钮，得到如下界面：
视图三：Enzymes点击 Enzymes 按钮，得到如下界面，可以看到不同酶切位点在序列中位置：
视图四：Features点击 Features 按钮，得到如下界面，显示一些常用元件（含元件的位置、大小、功能等信息）： 这次我们所讲的这些功能，主要是在最上方的菜单栏进行操作完成：一、批量添加不同的酶切位点1.点击菜单栏 Enzymes→ChooseEnzymes，可以有选择的显示不同的酶切位点。2.点击 RemoveAll，清空右侧的内切酶，在左侧框内选择需要显示的内切酶进行添加。 二、对片段进行命名1.在 sequence 视图,选中需要命名的序列，点击菜单栏 Feature→Add Feature，弹出以下窗口： 
Feature：给该片段命名。 Type：选择该片段的类型，点击右侧箭头选择不同的阅读方向。 Color：选择颜色。 三、给质粒图谱增加引物序列1.点击菜单栏 Edit→Find（或 Ctrl+F），输入引物序列，找到质粒序列对应位置。2.点击 Primers→Addprimer，弹出该界面：  3.按上下游引物选择 TopStrand 还是 BottomStrand，在 Primer 处可给该引物命名，随后即可显示该引物在图谱 Map 中的位置，也可以将常用的通用引物建到一个 txt 文档中，利用 importprimer from a list 进行添加。四、模拟标准限制性克隆1.打开被插入片段的质粒图谱，选择合适的两个酶切位点，如 xbal 和 EcoRV，点击菜单栏 Actions→InsertFragment，点击 xbal+Shift 键 +EcoRV。  2.点击 Insert，在 sourceof fragment 处选择插入的目的片段来源。 3.点击上述同样的酶，给该重组质粒命名，点击 clone。五、模拟融合克隆1.打开一个需要插入片段质粒图谱，点击菜单栏 Actions→Insert One Fragments，弹出以下窗口：  2.切换到 sequence 视图，找到想要发生替换的位点。3.点击 Insert，在 Source of Fragment 处选择拼接或替换片段的另外一个质粒图谱。此时弹出另外一个质粒图谱图样。4.点击用于替换的片段，观察该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是否一致，如不一致，点击 更换方向。5.选择后，点击 Product，点击 Choose Overlapping PCR Primers，此时即形成融合后的质粒图谱。六、模拟电泳功能1.点击菜单栏 Tools→SimulateAgarose Gel，显示如下界面：  2.点击 MW 可以选择不同的 Marker,其中点击 1.2.3.4……分别代表不同的泳道，通过选择不同的酶切位点，模拟各个泳道的电泳结果。3.以第一泳道为例：点击选中 line1，选择 BanI、BfaI 两个酶切位点，得到模拟电泳结果，如下图： 七、序列比对功能1.打开一个原始待比对的序列片段，点击菜单栏 Tool→Alignwith other Sequences 或 Alignwith Copied Sequences，如下图所示： 2.在本地文件中将需要比对的序列峰图全部选中，点击打开 3.得到如下比对结果，点击 sequence 可以看出每个样品的碱基缺失情况：
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：显示酶切位点。点击该按钮，得到如下界面。
：显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击该按钮，得到如下界面：
：显示 ORF 的片段大小、GC% 值等一些信息。得到如下界面：
：显示编码的氨基酸序列。点击该按钮可以切换氨基酸的全称和缩写。
：点击该按钮，选择All6 frames，可以得到所以所有序列编码氨基酸的情况。
点击箭头，查看峰图相比于比如 BioXM、Seqman……，SnapeGene 在序列比对功能上更加智能，实现了同时比对多种序列和查看峰图等功能。SnapeGene 是一个十分强大的功能软件，除了上述功能外，还有一些其他功能等着大家继续挖掘……【本文地址】