玩家通过神秘人留下的三叶草程序，根据指示删除了“存档”，重启了世界，Niko也再一次与玩家见面。 不过除开玩家与世界机器之外，其他人都失去了前一周目的记忆。 Niko也只是想起了有一个名为“（玩家设定的名字）”的“神”。

在Barrens： 神秘的书在矿井发出闪光，在指定位置使用后矿车莫名奇妙地出现了。 Niko乘坐矿车与Silver来到了矿井深处，并遇见了旧世界的原型先知Prototype。 此时真相的迷雾开始退散，Niko逐渐了解这个世界的真相，并因不了解玩家的行为与之生气，憎恨。 世界机器也意识到事情的不对劲和感受到了Niko的情绪，开始了自身的崩溃。 逃离之际，Sliver凭借自己的力量承受了塌陷的石头，而Prototype将自己的芯片给了Niko，让Niko去找Cedric，自己则消失在黑暗中。

在Glen： Niko与Calamus等人乘坐莫名其妙出现的小船一同前往墓地，在那里他们遇见了旧世界的居民Cedric。 Cedric修理飞行器之际，与Niko敞开心扉，使其了解到以前的旧世界及The_Author的故事。 且Cedric让Niko不要去生玩家的气，专注于计划之中。 因崩溃而离开时，Niko等人发现飞行器只能乘坐两人。为不让Niko陷入困境，Calamus与Alula自愿留下，Cedric和Niko答应一定会回来接他们时，乘坐飞行器离开了Glen。

在Refuge： 于一个平台安全降落后，Cedric让Niko去找Rue并直接从高空跳了下去。 Niko与Rue再次见面时，Rue发现Cedric那边的区块已经被崩溃，陷入了无望。闲暇之际，他们在钟塔（倒计时电梯）的阳台上看着远处的城市，Rue解释了世界和世界机器与作者之间发生的故事。 此时，Cedric与Prototype赶来，与Rue一同开启了作者房间的门。 Niko再次站在了“X”的上面，玩家关闭了窗口。

？？？： Niko在玩家的带领下，回顾了前一周目（第一周目）的故事场景，在道路的末尾，他们遇见了世界机器。 在Niko鼓励下，世界机器重拾信心，修复了世界中代码的错误，在努力回想起以前作者的所设定的结局的同时，世界机器创造了一个美好的结局。 而世界机器告诉玩家：“对于Niko，这只是一场梦。对于你来说，这只是一个故事。” 世界机器恢复了世界，也恢复了在这次旅途上那些因受崩溃影响的人，并安排在下一个房间——Staff表。 Niko在与一位又一位朋友打招呼，说再见永别。 在塔顶放置太阳，Niko回到了最初的房间。 阳光洒进房间，一条通往“家”的道路已为Niko敞开。 Niko与玩家告别，玩家看着Niko打破时空限制，从玩家的电脑上回到Niko的世界。