打开GraphPad Prism，在起始页选择XY表格类型，Options中X选Numbers，Y选Enter and plot a single Y value for each point，随后点击Create创建，如下。

在左侧工作区的Data Tables将绘图所需数据复制进来，如下。这里需要注意，由于我们之前在XY的 Options中X选了Numbers，因此只能输入数字，如果自己的数据是分类变量，如基因名称等，使用方法一绘制，最后需要导出矢量图在AI或别的绘图软件中修改X轴标签。

在工作区Graph图表处点击与表格对应名称的Data1（未修改，默认），在图标类型中选择第一种（散点），点击OK，即可生成散点图（棒棒糖图雏形）。

棒棒糖图是啥？散点加一根线，因此还需要继续美化修改：双击绘图区，在Appearance面板中同时勾选 Show symbols和 Show bars/spikes/droplines，在 Show symbols选项中调整“头部”散点的形状大小及颜色，在 Show bars/spikes/droplines选项中调整“躯干”直线的颜色和粗细，如下图。

棒棒糖图的其中一个好处就是能够收窄柱子，相同的数据占用更少的空间，因此图表默认的宽度显然太宽。我们双击坐标轴区域，或者在上方工具栏的Change工具组中选择 Format Axes，在 Width处调整图表宽度；在 Frame style处选择 Plain Frame全框样式；在 Thickness of axes处修改轴（外框）线条的粗细，如下图红框所示位置。

绘制效果如下，方法一就介绍到这里！

绘制方法二：

上述方法X轴只能是数值标签，而且不能将坐标轴翻转。但好处是可以任意调整柱子“躯干”的粗细。下面我们使用方法二，此方法可以把棒棒糖图翻转坐标和使用变量标签。

在起始页选择Grouped，Data table和Options选项都保持默认第一个，点击Create创建，如下。

将数据整理成横向，复制进Data table中，一个Group对应一个基因名，如下图。

点击左侧工作区Graphs处的Data2，在图表类型中选择Grouped—Summary data—横向或者纵向的柱形图样式（第一或第四个），点击OK，如下图。

默认生成的就是下图的单分组柱形图。柱形图不是我们的目标，于是继续双击绘图区进行下一步修改。

在Appearance面板中，先选择 Change All data sets（对所有分组同时修改），在 style的 Appearance处选择 Scatter dot plot，在 Symbols处修改散点的大小形状颜色，这里和方法一相同，修改位置如下图。

现在图表间距太窄了，需要拉宽，还有就是只有点没有线咋办，这里我们可以投机一下。其实与方法一类似，双击坐标轴区域，或者在上方工具栏的Change工具组中选择 Format Axes，在 Width将图表加宽；在 Frame style处选择 Plain Frame全框样式；在 Major grid处选择给X轴添加纵向网格线，并修改网格线的颜色、粗细、线形，如下。这样我们绘制出来的这种“棒棒糖图”又称之为 滑珠散点图，本质是一样的。

如果数据是来自不同样本或分组，我们可以设定不同的颜色，如下。

方法二就介绍到这里！

绘制方法三：

此方法绘制滑珠散点图和方法二类似，但是用于两个分组间两两比较，如文首的案例Fig2。

选择是同样是选择Grouped，在Options选择第二个，数量填2，如下图。

将整理好的数据复制进Data Tables，如下。

选择两个分组在同一直线上（横或纵向）的散点样式，如下，点击OK。

初始如下。

之后按照方法二的操作进行美化修改即可，美化后效果如下。

纵向的绘制方法也相同，大家按需选择即可。

我们再回顾一下本期的学习成果:

（棒棒糖图）

（滑珠散点图横向+纵向+展示分组）

（滑珠散点图横向+纵向+两两比对）

和R语言相比，各有各的优势和缺点，比如R可以设定阈值，而GraphPad Prism绘制起来更加简单易上手,可以快速完成图表的绘制（效果也很不错）~

好啦，今天的分享就到这里~

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