校车是保障学生安全的重要交通工具，然而，在道路上有一些违法行为会导致驾驶员被扣除3分。以下是校车扣3分的几种违法行为：

1. 超载乘客：如果驾驶员驾驶校车以外的其他载客汽车，载人超过核定人数的20%以上但不到50%，将被扣除3分。

2. 违规行驶：在高速公路或城市快速路以外的道路上，驾驶员不按规定车道行驶时，也会被扣除3分。

3. 超速行驶：当驾驶员在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速的20%以上但不到50%时，将被扣除3分。

4. 违反超车让行规定：如果驾驶员在高速公路、城市快速路以外的道路上逆行，或者没有按规定超车和让行，将被扣除3分。

5. 分心驾驶：驾驶员在驾驶校车时拨打、接听手持电话等妨碍安全驾驶的行为，同样会被扣除3分。

6. 危险超车：驾驶员在遇到前方机动车停车排队或缓慢行驶时，借道超车或占用对面车道、穿插等候车辆，也将被扣除3分。