2018年SCI论文

2024-07-14 16:40| 来源: 网络整理| 查看: 265

文章目录论文地址STRING数据库PPI网络构建输入差异基因listPPI图保存结果 cytoscape软件筛选hub基因、功能模块输入“string_interactions”文件用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因生存分析用MCODE插件，筛选功能模块

论文地址 STRING数据库 PPI网络构建输入差异基因list

进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH” 在这里插入图片描述继续

PPI图

在这里插入图片描述

保存结果

在这里插入图片描述

cytoscape软件筛选hub基因、功能模块

在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件

输入“string_interactions”文件

在这里插入图片描述

用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因

下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序在这里插入图片描述下面的图片就是筛选出来的10个hub基因，保存结果，后续进行生存分析

生存分析

最终发现VEGFA基因与生存显著相关在这里插入图片描述

用MCODE插件，筛选功能模块

在这里插入图片描述本博客内容将同步更新到个人微信公众号：生信玩家。欢迎大家关注~~~

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