煙波島上，發生了漁民失蹤事件。晚上值班的漁民老林遇到了黑色黏液，從漁船消失。伴隨老林的消失，一名神秘女孩進入了小鎮。第二天，島上的學生付君浩、張宇軒和遊尚傑，偶遇了在地上掙扎的女孩，付君浩關心女孩，女孩卻跑開了。付君浩三人追着女孩來到枯井邊，女孩不見蹤影，卻發現井裏有怪聲。隨後目睹了一條沾滿黑色粘液的魚從井中蹦出。地理課上，沙拉正在講關於環境保護的內容，付君浩提出一起去漁船。晚上，付君浩等三人來到漁船，三人發現了神秘女孩躲在船上。付君浩出於好心，將女孩帶回家中，只得將女孩收留在家中，女孩一個人在房間的時候，突然表情變得很奇異。此時，遊尚傑在獨自回家途中，遭遇“黑色黏液”襲擊，消失的無影無蹤。

　　漁船上出現了一夥神秘人，稱有變異生物並報告發現了博士的衣服碎片，杜先生變得嚴肅。夜晚，留宿付君浩家的女孩噩夢驚醒。付君浩將自己的隨身聽給女孩，安慰女孩睡下。翌日，付、張二人來到學校，被告知遊尚傑失蹤。碼頭上，居民沙建質問老林的下落，和漁船公司老闆的兒子蘇民緒發生衝突。沙建離開，而暗中已有神秘人盯上了沙建。此時，杜先生在一個鐵門前，手下在洞中發現了“試劑樣本。” 付、張兩人放學來到遊尚傑家詢問，碰到遊尚傑離異父母爭吵。兩人離開，來到遊尚傑失蹤地點探查，付君浩的球鞋踩到了黑色粘液。此時，留在付君浩家中的女孩，整理了房間。付君浩奶奶回家，聽到聲音，上樓查看。二樓女孩表情變得奇異，付奶奶似乎有危險。

　　杜先生的手下將試劑送出。付、張二人回家，發現空無一人。奶奶買了吃的給女孩，以為是付君浩惹事。付君浩解釋後，再次尋找阿杰，結果被女孩看到鞋上黏液對其很感興趣。沙建在外，遇到妹妹沙拉被問是否打架。沙建否認離開。隨後，遭到神秘人的埋伏。翌日，付、張二人帶女孩來到踩黏液處，女孩發現元件，開始找阿杰。沙建醒來認為被蘇民緒暗算，找其報復，兩人打架時，沙拉阻止了衝突。蘇民緒回去後氣憤不已，説要報復，被父親蘇萬三阻止。沙拉家，二人爭執，沙拉希望哥哥別惹事，沙建認為自己伸張正義。二人和好後，沙建離開。晚上，三人尋找無果，張宇軒看到女孩的奇異表情。沙建路過了枯井，當他上前查看，井口冒出“黑色黏液”，沙建消失。

　　付、張二人商量去學校實驗室，研究黏液。女孩也提出同去。杜先生來到基地，科研人員陳博士，説之前帶出來的試劑有問題。杜先生對着牆上女孩的照片惱怒，指派手下在小鎮尋找。翌日，付君浩給女孩取名“林小舟”，帶女孩去學校。在學校，遇到張宇軒反對女孩參與。此時三人遇到了請假去找哥哥的沙老師，差點露餡而後被付君浩搪塞過去了。阿杰父親遊大海，因為把阿杰罵出了家，十分自責。在查看阿杰書桌時發現了日記，日記中提到以前的幸福時光，日記裏提到會去海邊，遊大海趕往海邊尋找。在學校實驗室裏，付、張二人看不出黑色黏液，但小舟對這些器物十分熟悉，開始嫺熟的操作，畫出了黑色黏液的細胞圖。看着細胞圖，她想起了什麼，突然一陣頭疼。

　　小舟聽着付君浩的隨身聽漸漸平復。在碼頭，蘇民緒遇到問題，小陳説發現赤潮影響了環境和產量。他不知所措時，發現有可疑人在卸貨，為首的是杜先生。隨後，付君浩等人來到圖書館。碼頭上，可疑人搬貨，和漁民衝突，蘇民緒出現，卻被撞擊。蘇民緒騎着摩托車追上，遇到沙拉，沙拉跟上蘇民緒。蘇民緒追擊卻被甩，又被沙拉攔住。蘇民緒被問説是否找沙建麻煩時，杜先生再次撞擊，在蘇民緒快要被撞時，沙拉救了蘇民緒，沙拉看見了刀疤男，懷疑與哥哥有關，騎上摩托追擊。沙拉追擊到一半，摩托車壞了，沙拉打動了蘇民緒。蘇民緒討好沙拉，結果被沙拉指責。圖書館，小舟發現鏡下細胞圖和赤潮藻相似又有區別。隨後，小舟將一本書偷走，正好被張宇軒看見。