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Compiled: March 18, 2021
来源:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html 这个教程可以说是每个单细胞学习的人的最初的入门教程,里面的东西可以反复琢磨,标准分析基本上就这么多内容。教程中提到了大量的资源介绍,参数含义解读,甚至高级部分的简洁版算法介绍,结果解读,可视化方法,以及数据变换后使用什么函数来提取对应的变换后的数据。 1.数据介绍此次分析所有数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),使用10X Genomics, Illumina NextSeq 500进行测序,共获得2700个单细胞。可以在这里进行下载:https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 数据下载下来后进行解压,主要包含以下三个文件: image-20210404002351434.png 2.加载包和读取数据 library(dplyr) library(Seurat) library(patchwork) # Load the PBMC dataset, 读取数据主要使用Read10X这个函数 pbmc.data |
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