截至2013年9月，曲阜师范大学下设28个研究所，建有省级高等学校协同创新中心1个，省级工程技术中心1个，省级重点实验室7个，其中山东省"十二五"高校重点实验室5个。学校是国家体育总局体育社会科学重点研究基地，有省级研究基地6个，其中有山东省"十二五"高校人文社会科学研究基地2个。

50年代的"公社数学"曾受到毛主席的赞扬曲阜师范大学风貌 ，离子交换法制备碳酸钾获1978年全国科学大会奖。截至2013年9月，曲阜师范大学先后承担了国家"973"、"863"计划项目在内的一大批高层次科研项目，在应用数学、激光偏光、电气信息、生物资源开发与利用、土地规划、物理化学、孔子儒学、教育科学、体育科学等学科领域达到了较高水平。2011至2013年间，学校累计承担国家级项目116项，省部级项目393项，省部级科研成果奖71项。2009年，学校在CSSCI期刊发表论文589篇。

据20 14年9月学校图书馆数据显示，两校区图书馆馆藏纸质文献62万种、3653210册，中外文大型数据库平台52个，院所资料室藏书80余万册，生均文献量超过105册，另有大量的多媒体文献;数字资源量不断取得稳步增长，电子图书超过200万册。[13]

《曲阜师范大学学报》在1995年国家教委科技司组织的评比中获全图书馆国高等学校优秀学报三等奖，在1996年山东省科技期刊评估中被评为良好期刊，被美国《数学评论(MR)》、德国《数学文摘(Zbl Math)》、美国《现代数学出版物(CMP)》等国外著名数学检索刊物和《中国数学文摘》及其与互联网联通的《中国数学文献数据库》、《中国物理文摘》及其《中国物理学文献数据库》、《中国无机分析化学文摘》、《中国学术期刊(光盘版)》等大型国内检索系统所收录;1999年1月起，学报加入中国科技信息所万方数据网络中心制作的"万方数据(China Info)系统科技期刊群"，1999年10月，学报加入中国知识基础设施(CNKI)中的中国期刊网。

《齐鲁学刊》先后被评为山东省优秀期刊、全国中文核心期刊、中国人文社会科学核心期刊、中文社会科学引文索引(CSSCI)选用期刊、 全国百强社科学报、中国人文社科学报核心期刊、中国人文社会科学引文数据库来源期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊，并数次入选美国R·R·BOWKER公司出版的国际权威性大型期刊介绍工具书《乌里希国际期刊指南》。

2012年5月21日至23日，成功承办第二届尼山世界文明论坛，29位国内外知名学者莅临发表演讲并与现场师生展开交流与对话。2012年10月20日，成功举办体育人文社会学"泰山学术论坛"，海内外专家聚首曲园围绕"健康·人文·科技--体育人文社会科学建设与发展"展开了深入的交流探讨。2012年10月26日至27日，与中国社科院博士后流动站联合举办全国第二届文学博士后流动站学术会议，来自全国10多所高校的50余位博士后围绕"经典与传统"展开了热烈的讨论。[14]