如何在VMD中画出模拟盒子（simulation box） |
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如何在VMD中画出模拟盒子（simulation box）
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1. 在终端输入如下两行命令： vmd > set cell [pbc set {31.0 15.64 15.64} -all] (注：上面的数值的单位为Angstrom.) vmd > pbc box -center origin -color black -width 1 vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) 2. 到VMD main 窗口，点开Representation菜单，程序会弹出Graphical Representations窗口。此时，选择Periodic 按钮，选择要画的周期性图像(Select periodic images to draw). 如图：  图1. 选择在X轴方向重复出盒子。3. 最终显示出的盒子边界，如图2  图2. 模拟盒子的周期性边界.. 附： 临时改变背景颜色。例如，要把背景色改为白色，方法如图3  图3. 设置背景色的方法.
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