系列文章主要是服务于一些不怎么看剧情或者把剧情忘了的游戏玩家。省略了一些细节，但保留了大部分关键信息。

《明日方舟》序章和第一章，讲述了一个包括矿石病感染者成员在内，拥有完整独立武装力量与矿石感染研究与检疫手段的一个组织——罗德岛，以唤醒、保护、转移“博士”（主角）为行动目的，从被暴恐组织控制的移动城市切尔诺伯格突出重围的故事。

主线故事发生之前，泰拉1093年，罗德岛的前身，巴别塔，作为博士一侧的势力在卡兹戴尔内战中损失惨重，创立者和精神领袖特雷西娅遭暗杀，包括W在内的许多原成员牺牲或失踪，博士被封印在石棺中。

泰拉1096年12月23日，早5点12分，一个名叫“整合运动”感染者地下组织，开始在乌萨斯帝国城市切尔诺伯格（切城）发动暴乱。

同日，继承了巴别塔部分遗产的、名为“罗德岛”的组织，正按照计划秘密前往封印着博士的石棺所在处——切城上城区某地，解封并迎接一位最顶尖的矿石病学者、前线指挥官、神经学博士、战术家……

早6点38分，整合运动在其领导者塔露拉的带领下，正式向切城发动进攻。

位于切城核心区的石棺设施，也很快被整合运动攻入，阿米娅等人很吃惊，这一切都在计划之外。但在看到整合运动袭击平民时，罗德岛选择尽可能地救下平民。

在前往汇合点的途中，乌萨斯军警正面迎击整合运动的干部级人员——弑君者，让罗德岛的众人从他们身后离开。

失忆的博士在众人的信任下，取得了罗德岛的指挥权，并即将与临光的小队汇合。

此时战场起了浓雾，弑君者追了过来，但她却被同行的整合运动干部梅菲斯特给赶走了。梅菲斯特对博士本人十分好奇，认为博士与他们不一样，他也对石棺设施中的生命维持装置很感兴趣。

在他的指挥下，整合运动压制住了罗德岛。

关键时刻，临光挺身而出。梅菲斯特也派出了同为干部的后手——浮士德攻击临光。精英干员ACE上前硬吃了弩弹，并指挥狙击干员火力压制浮士德藏身处。临光趁机冲锋，率领众人从切城核心区撤退，并计划从整个切城突围。

约早上9点左右，罗德岛到达了感染者诊所阿萨兹勒。浮士德一直在跟踪罗德岛救援小队，并将他们的情报传递给了搭档梅菲斯特。梅菲斯特继而向塔露拉汇报，为了避免计划被干扰，整合运动决定铲除罗德岛。

天灾降临，塔露拉也彻底控制住了切城。为了保护博士，干员临光的铠甲被塔露拉的源石技艺焚毁，受重伤，阿米娅用黑色屏障勉强防御住源石技艺，干员ACE决定率小队断后，牺牲。ACE在牺牲前救下了一位代号“Guard”的近卫干员。

几乎同一时间，整合运动队伍中的萨卡兹雇佣兵W，袭击了待机中的罗德岛A1与A4小组。

在即将抵达切城出口时，W阻碍了罗德岛的撤离，还希望能带走博士询问一些事情。罗德岛当然不会同意，短暂交锋后，W率其部队撤退。

护送博士的罗德岛小队成功突围。

不久后，整合运动成员爱国者，在切城展开对受困平民的搜救时，与其老战友（将军）、现罗德岛干员赫拉格在阿撒兹勒诊所前会面，叙了叙旧并派人将赫拉格护送出城，后给幸存的Scout以及被Scout保护着的罗德岛近卫干员（Guard）指明了生路。

爱国者在搜救行动中，下令吊死了一部分漠视军纪、主导袭击平民的整合运动成员。并对干部梅菲斯特、弑君者处以警告处分，对其他人处以记过处分（再犯处死）。

Scout作为罗德岛老干员，他眼中未失忆的博士是一个战争狂人。对于自己过去曾做过的、正在做的、将来要做的事，他一方面觉得自责或犹豫（他自认为自己很懦弱），一方面却也深信道路的正确性，于是有了牺牲自己成就事业的想法。

Scout带着自己保护的近卫干员离开时，和巴别塔过去的老熟人W见面，选择刀剑相向，战败。随后他与W做了交易，帮助W下克上，让其成为萨卡兹佣兵团团长。以此，Scout保住了自己保护的那位近卫干员的命。但最终Scout还是留下一纸遗言，牺牲在了战场上。